Back to site

Часто задають питання:


(AmberFFC версії 1.3, написано: травень 2003 випущено: липень 2003 р.)




1) Чому AmberFFC?
2) На яку операційну систему (ОС) не AmberFFC роботу?
3) Що потрібно, щоб виконати AmberFFC?
4) Як використовувати AmberFFC під Windows (9x, Win2000 або WinNT)?
5) Як AmberFFC роботу?
6) Де можна отримати інформацію про формат AMBER, GLYCAM & Accelrys файли FF?
7) Силове поле (FF) файли, отримані під Windows, не можуть бути використані під UNIX. Чому?
8) програмне забезпечення AMBER встановлена, але AMBER FF файли не можуть бути знайдені. ЧОМУ?
9) "binff" і "binff3" Accelrys скрипти тільки розпочато AmberFFC під IRIX або AIX. ЧОМУ?
10) При "binff" або "binff3" виконуються, помилок справу з SGI "libblas" бібліотеки виглядають. ЧОМУ?
11) При "binff3" виконано, помилки, що стосуються "дублікат номер версії" виглядають. ЧОМУ?
12) Weiner і співавт. FF з «Атом Юнайтед" не перетвориться AmberFFC. ЧОМУ?
13) параметри двогранних не знайдені, коли Відкрийте для себе (або ЯМР-Уточнити) не використовується. ЧОМУ?
14) Cys і залишків Met не визнаються AMBER FF перетворені з AmberFFC. ЧОМУ?
15) При використанні Відкрийте для себе і amber91/91X (Weiner і співавт. FF), деякі FF параметри відсутні. ЧОМУ?
16) Використання Відкрийте для себе і FF перетвориться AmberFFC, нейтральні кінці амінокислот, не зізнаються. ЧОМУ?
17) тип LP атомі не вистачає в amber99. ЧОМУ?
18) Як модель малих молекул, таких як органічні молекули з FF перетвориться AmberFFC?
19) Чому використовувати бібліотеку USER ФРАГМЕНТ побудувати глікокон'югатов в InsightII?
20) Як використовувати цю нову бібліотеку ФРАГМЕНТ КОРИСТУВАЧУ з GLYCAM FF?
21) Де поставити три GLYCAM FF в дереві файлової системи?
22) При GLYCAM FF перетворюються в формат Accelrys по AmberFFC, Missing_glycamXX створюються файли. Чому?
23) Як GLYCAM бібліотеки відрахувань побудований AmberFFC?
24) Як моносахаридів одиниць диференційовані glycam_XX.rlb файл?
25) моносахарид БЛОК імена GLYCAM FF (AMBER програмне забезпечення) трохи відрізняються від тих, від версії Accelrys. Чому?
26) Ось деякі помилки виправляти в GLYCAM ". Підготовчі" файлів
27) Чому одні атом вуглецю імена зміна Neu5Ac одиниць?
28) Чому "binff" і "binff3" не виконується AmberFFC для перетворення багор?
29) Чому немає бази даних, топології створюється AmberFFC для перетворення багор?
30) Чому новий ff02 і ff02EP FF не перетворюються по AmberFFC?
31) здійснення відмінності FF в бурштин і Accelrys програмного забезпечення. Наслідки $ до н.е. змінної.
32) Що таке сенс $ XTERM змінної в AmberFFC код?
33) Відмінності між AmberFFC версій 1.0, 1.1, 1.11, 1.2 та 1.3
34) Як запустити AmberFFC (версії 1.0 => 1.3) в мережі?
35) звернень AMBER і GLYCAM FF
36) Хто написав AmberFFC і як привести AmberFFC?




1) Чому AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
Серед різних версій силу AMBER поля (FF), доступні у суспільне надбання, Accelrys Inc (раніше "Молекулярне моделювання" або "Biosym", Сан-Дієго, http://www.accelrys.com/ ) тільки забезпечує " старі "Вайнер і співавт. FF. Це "Accelrys Вайнер та ін". FF представляє наступні відмінності з оригінальною версією:

1 - З плану (ООП) FF параметри NMe, Tyr і Phe залишків,

2 - часткова плата за NH 3 + і СО2-кінцях усіх амінокислот,

3 - Деякі амінокислоти відсутні в топології бази даних:
=> PRON (NH2 + Pro), Lys, Glu і Asp (нейтральний бічного ланцюга для цих трьох залишків),

4 - Деякі FF параметри різні:
=> Переглянути C-CT-N3, HC-CT-N і УВ-CT-HC кут параметри, наприклад.

=> Ми вирішили повторно адаптувати цей старий Weiner і співавт. І створити Корнелл і співавт. І Wang і співавт. AMBER FF для програмного забезпечення Accelrys (AmberFFC версії 1.0). Таким чином, AmberFFC перетворює базу даних AMBER топології та файли FF параметр формату Accelrys. Більше того, псевдо-атом бібліотеки (". PLB" файл) створюється для кожного FF (за винятком багор FF).

З AmberFFC версії 1.2, три GLYCAM FF (Woods і співавт., http://glycam.ccrc.uga.edu/ ) перетворять Accelrys молекулярної модулів механіки.

З AmberFFC версії 1.3, нову версію parm99 (Сіммерлінг і співавт.) І новий Острога (Загальний AMBER силове поле; для органічних молекул) FF також конвертуються в Accelrys форматі.

Ці AMBER & GLYCAM FF можуть використовуватися з "Discover" і "Discover_3" Accelrys модулів (інші назви: "FDiscover" і "CDiscover").


2) На яку операційну систему (ОС) не AmberFFC роботу?


ВІДПОВІДЬ
Ми протестували AmberFFC Використання Linux-PC (RedHat 6.1, англійська версія або Mandrake 7.0, французькою мовою), Solaris 7.0 (ВС), IRIX 6.3/6.5 (SGI), AIX 4.2 (IBM RS/6000) і HP-UX 10.2 (Hewlett -Packard). AmberFFC повинен працювати на всіх платформах UNIX, мають perl5 встановлені. Ми також протестували AmberFFC під Windows (для використання AmberFFC під Windows, прочитайте також питання і відповіді 4 ).
Ми не перевіряли AmberFFC під Macintosh (для Perl під Macintosh, див http://www.macperl.com )


3) Що потрібно, щоб виконати AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
Ви повинні мати:
1 - perl5 (не perl4!) І "мова" встановлений модуль:
Perl (Larry Wall) це інтерпретована мова програмування для перетворення / зміну / отримання даних з ASCII (або текстових) файлів. Після perl5 встановлена на вашій системі, "мова" модуля повинні бути присутніми за замовчуванням. Цей модуль є корисним, щоб уникнути помилок з комою між французькою та англійською мовами (",") (".") систем.
Додаткові відомості про perl5, подивіться на сайті CPAN http://www.cpan.org або на сайті O'Reilly http://www.perl.com :
- Використання Perl пошук, щоб знайти модуль http://search.cpan.org/
- Читайте "що робити, коли ви завантажили модуль з CPAN http://www.cpan.org/modules/INSTALL.html, якщо вам потрібно встановити модуль.

Ми протестували AmberFFC з наступними perl5 версіях: 5.005_03, 5.005_02 і 5.004_04. Використовуйте "Perl-V" і "Perl-V", щоб перевірити, які Perl версії у вас є на вашій машині.

2 - файли Силове поле:
- AMBER FF файлів:
AMBER FF відносяться до суспільного надбання: ви можете отримати ці файли з сайту веб-AMBER ( http://amber.scripps.edu/dbase.html ).

* Щоб побудувати Вайнер та ін FF (без «Єдиної Атом"): ". PLEP" версія:
=> Parm91.dat, all.in, allnt.in і allct.in файли використовуються.

* Щоб побудувати Вайнер та ін FF (без «Єдиної Атом"): ". LEAP" версія:
=> Parm91X.dat, all.in, allnt.in і allct.in файли використовуються.
(Прочитано http://amber.scripps.edu/Questions/improp.html, щоб зрозуміти різницю між "PLEP" і "LEAP" версії).

* Щоб побудувати Корнелл та ін FF (версія 1994).:
=> Parm94.dat, all_amino94.in, all_aminont94.in, all_aminoct94.in і all_nuc94.in файли використовуються.

* Для створення першої модифікації Корнелл та ін FF (версія 1996).:
=> Parm96.dat, all_amino94.in, all_aminont94.in, all_aminoct94.in і all_nuc94.in файли використовуються.

* Щоб побудувати другу модифікацію Корнелл та ін FF (версія 1998).:
=> Parm98.dat, all_amino94.in, all_aminont94.in, all_aminoct94.in і all_nuc94.in файли використовуються.

* Щоб побудувати Wang та ін FF (версія 1999).:
=> Parm99.dat, all_amino94.in, all_aminont94.in, all_aminoct94.in і all_nuc94.in файли використовуються.

* Щоб побудувати Сіммерлінг ін FF (версія 2002).:
=> Parm99mod.dat, all_amino94.in, all_aminont94.in, all_aminoct94.in і all_nuc94.in файли використовуються.

* Щоб побудувати багор FF (версія 2002):
=> Gaff.dat використовується (немає бази даних, топології передбачена багор).
[Якщо ви використовуєте "gaff.dat.1.1" або "gaff.1.2" (gaff.dat.XY) файл, просто перейменуйте його в "gaff.dat"]

- GLYCAM FF файлів:
З AmberFFC версії 1.2, три GLYCAM FF перетворюються. Всі вони складають "glycam_XX.dat" файл (FF файл параметрів) і набір численних ". Підготовчі" файли (база даних моносахаридів та інших одиниць з правилами топології).

- Accelrys FF файлів:
=> Cvff.rlb, amber.rlb і cvffa.plb файли просто використовувати як "донора форматі" вхідних файлів.

Ці файли відносяться до Accelrys, так що ви повинні мати Discover/Discover_3 (FDiscover / CDiscover) ліцензію (див. http://www.accelrys.com/contact/index.html ). Як AmberFFC генерує AMBER і GLYCAM FF для Discover/Discover_3, я б не розумію, чому ви повинні AmberFFC без ліцензії Discover/Discover_3...



4) Як використовувати AmberFFC під Windows (9x, Win2000 або WinNT)?


ВІДПОВІДЬ
1 - Встановити активність Perl для Windows, perl5 пакет, доступний для платформ Win32.
Дивіться http://www.ActiveState.com/ActivePerl, щоб завантажити та встановити його.

2 - Запуск AmberFFC використанні "неавтоматичного шлях" або "Другий шлях" (див. також питання і відповіді 5 ).

3 - Для запуску AmberFFC під Windows, просто запустіть "Perl AmberFFC" в "душ" вікно / терміналу.
Примітка:
- Кольори не визнаються в WinNT 4.0: Ми вирішили відключити кольору для всіх ОС Windows (9x, win2000 та ін WinNT).
- Як Accelrys програмне забезпечення не працює під ОС Windows (див. також питання і відповідь 9 ), Ви повинні будете перекладати по FTP ваш знову отримані файли на FF SGI або робочої станції IBM RS/6000 (див. також питання і відповіді 7 для отримання додаткової інформації).

Однак, використовуючи AmberFFC під Windows, тільки цікаво читати і перевіряти FF файлів, але ви не можете їх використовувати!


5) Як AmberFFC роботу?


ВІДПОВІДЬ
Вам не потрібно для компіляції сценарію. Просто запустіть "Perl AmberFFC" або "perl5 AmberFFC" (якщо у вас є perl4 і perl5 встановлений на робочій станції) в UNIX-терміналу або X-вікна терміналу. Ви можете запустити AmberFFC за допомогою двох способів:

1 - "Перший шлях": автоматичним способом або за замовчуванням шлях
=> AMBER і Accelrys програмного забезпечення повинні бути встановлені на одній робочій станції.
Ми протестували AmberFFC на IRIX 6.3 (perl5 була встановлена з SGI безкоштовна сайті: http://freeware.sgi.com як тільки perl4 надається за умовчанням в IRIX 6.3) і IRIX 6.5.

AmberFFC шукає:
- $ BIOSYM_LIBRARY змінної у вашому середовищі, щоб знайти три Accelrys FF вхідних файлів необхідно.
- AMBER каталог в змінну $ PATH, щоб знайти всі AMBER і GLYCAM FF файлів.

Просто запустіть AmberFFC і відповідь на питання, щоб вибрати, які AMBER FF ви хочете побудувати: Ось те, що ви отримаєте, як тільки ви виконали "Perl AmberFFC" (версія 1.3):
____________________________________________________________________________________

Яке силове поле ви хочете побудувати для F & CDiscover? (X для виходу)

(A) Amber 91 (PLEP)
(B) Amber 91X (LEAP)
(C) Amber 94
(D) Amber 96
(E) Amber 98
(F) Amber 99
(G) Amber 99mod
(H) Gaff 2002
(I) Glycam 93
(J) Glycam 2000
(K) Glycam 2010

(L) All


Your choice:
 

___________________________________________________________________________________

2 - "Другий шлях":
Якщо Accelrys і AMBER програмного забезпечення, не встановлена, ви можете отримати AmberFFC FF файли, так чи інакше. Просто змініть початок "ОСНОВНА ПРОГРАМА" секція: Ви повинні вказати, де Accelrys, амбри і GLYCAM FF файли знаходяться в дереві файлової системи. Ось приклад того, ми використовували:

Лінія 1451 в коді:


# Якщо у вас немає Accelrys та / або AMBER програму, і ви хотіли б почати "AmberFFC", створіть наступне дерево
# З відповідною Accelrys, амбри і GLYCAM FF файлів:
#
# /usr/people/guest/FF_Files/
# - accelrys cvffa.plb, cvff.rlb, amber.rlb (Accelrys FF files).
#
# - dat parm91.dat, parm91X.dat, parm94.dat, parm96.dat, parm98.dat, parm99.dat, parm99mod.dat, gaff.dat
# all.in, allct.in, allnt.in,
# all_amino94.in, all_aminoct94.in, all_aminont94.in, all_nuc94.in (AMBER FF files).
#
# - glycam/glycam_93 ".prep" files with a FF parameter file (GLYCAM FF files)
# - glycam/glycam_2000 ".prep" files with a FF parameter file (GLYCAM FF files)
# - glycam/glycam_2010 ".prep" files with a FF parameter file (GLYCAM FF files)
#
# Далі дотримуйтеся вказівок, які наведено нижче.

if ($ENV{'BIOSYM_LIBRARY'}) {
$BL="$ENV{'BIOSYM_LIBRARY'}";
if (substr($BL,length($BL)-1,1) ne "/") { $BL=$BL."/"; }
}
else {
# PrintColor("RED","Are you sure InsightII is installed ?\n");
# PrintColor("RED","The \$BIOSYM_LIBRARY variable is not in your environment !\n\n");
# PrintColor("RED","Read the \"faq\" file for more information.\n");
# if (!$ENV{"Windir"}) { ‹STDIN›; }
# exit(-1);
$BL="/usr/people/guest/FF_Files/accelrys/";

}

@temp=split(':',$ENV{'PATH'});

$found=$i=0;
while (!$found and $i<=$#temp) {
if (uc($temp[$i])=~/AMBER/) {
$posi=index(uc($temp[$i]),"AMBER");
if (($posi=index($temp[$i],"/",$posi))!=-1) { $AMBER=substr($temp[$i],0,$posi); }
else { $AMBER=$temp[$i]; }
$AMBER=$AMBER."/";
$found=1;
}
$i++;
}

if (!$found) {
# PrintColor("RED","Are you sure Amber is installed ?\n");
# PrintColor("RED","The Amber directory is not in your PATH !\n");
# PrintColor("RED","Read the \"faq\" file for more information.\n");
# if (!$ENV{"Windir"}) { ‹STDIN›; }
# exit(-1);
$AMBER="/usr/people/guest/FF_Files/";
}
__________________________________________________________________________________________________________

3- "Third way":
The Accelrys package is installed but you do not have the AMBER software. So, get the AMBER and GLYCAM FF files, and modify AmberFFC as it is described below:
__________________________________________________________________________________________________________

if ($ENV{'BIOSYM_LIBRARY'}) {
$BL="$ENV{'BIOSYM_LIBRARY'}";
if (substr($BL,length($BL)-1,1) ne "/") { $BL=$BL."/"; }
}
else {
PrintColor("RED","Are you sure InsightII is installed ?\n");
PrintColor("RED","The \$BIOSYM_LIBRARY variable is not in your environment !\n\n");
PrintColor("RED","Read the \"faq\" file for more information.\n");
if (!$ENV{"Windir"}) { ‹STDIN›; }
exit(-1);
#$BL="Full_Path";

}

@temp=split(':',$ENV{'PATH'});

$found=$i=0;
while (!$found and $i<=$#temp) {
if (uc($temp[$i])=~/AMBER/) {
$posi=index(uc($temp[$i]),"AMBER");
if (($posi=index($temp[$i],"/",$posi))!=-1) { $AMBER=substr($temp[$i],0,$posi); }
else { $AMBER=$temp[$i]; }
$AMBER=$AMBER."/";
$found=1;
}
$i++;
}

if (!$found) {
# PrintColor("RED","Are you sure Amber is installed ?\n");
# PrintColor("RED","The Amber directory is not in your PATH !\n");
# PrintColor("RED","Read the \"faq\" file for more information.\n");
# if (!$ENV{"Windir"}) { ‹STDIN›; }
# exit(-1);
$AMBER="/usr/people/guest/FF_Files/";
}
__________________________________________________________________________________________________________



6) Де можна отримати інформацію про формат AMBER, GLYCAM & Accelrys файли FF?


ВІДПОВІДЬ
1 - Отримати інформацію про AMBER FF:
http://amber.scripps.edu/eqn.txt
http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/FFbs/2_Forcefields.html # 568080

2 - Отримання інформації про формат файлів AMBER:
=> GLYCAM FF мають той самий формат, ніж AMBER FF
http://amber.scripps.edu/dbase.html

3 - Отримання інформації про формат файлів Accelrys FF:
- Для файлів формату "FRC.": Файл FF параметра
http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/cdiscover/D_Files.html # 925808
- Для файлів формату "RLB.": Файл топології бази даних або файлу залишків бібліотеки
http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/formats980/File_Formats_1998.html # 144453
- Для файлів формату "ПРБ".: Псевдо-атом бібліотеки
http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/formats980/File_Formats_1998.html # 779673
- Для "template.dat" файл:
http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/insight/a_PTR.html # 309226

4 - Отримати інформацію про GLYCAM файли FF:
Попросіть доктора Р. Вудс. E-mail: rwoods@ccrc.uga.edu
Ось офіційний веб-сайт GLYCAM: http://glycam.ccrc.uga.edu/index.html



7) Силове поле (FF) файли, отримані під Windows, не можуть бути використані під UNIX. Чому?


ВІДПОВІДЬ
У Вас є деякі проблеми з CR / LF символ (повернення каретки / переклад рядка). ОС Windows використовує CR / LF символів (ASCII-коди: 13 і 10) в кінці кожного рядка (Unix використовує тільки один НЧ). Ми написали CRLF функції в AmberFFC, що ви, ймовірно, може адаптуватися до цієї мети, або ви можете використовувати наступні perl5 сценарію: Ми назвали його "DOS_UNIX", і ми використовуємо його, виконавши "Perl DOS_UNIX files_to_be_transformed".
__________________________________________________________________________________________________________

sub CRLF {
open(FILE,$_[0]) or return(0);
if (!open(FILE2,"> dos_unix.tmp")) { close FILE; return(0); }
while (defined($line=‹FILE›)) {
$line=~s/\r\n/\n/g;
print FILE2 $line;
}
close FILE;
close FILE2;
unlink($_[0]);
rename("dos_unix.tmp",$_[0]);
return(1);
}

якщо ($ ARGV [0] екв "") {друку "Ви повинні вказати хоча б один файл \ п";! вихід (-1);}

$NbErrors=0; $NbFiles=0;
for($i=0;$i<=$#ARGV;$i++) {
if (substr($ARGV[$i],length($ARGV[$i])-1,1) ne "*") {
$NbFiles++;
if (!(CRLF($ARGV[$i]))) { $NbErrors++; }
}
else {
$j=-1; $k=0;
while ($k < length($ARGV[$i])) {
if (substr($ARGV[$i],$k,1) eq "/") {$j = $k}
$k++;
}
if ($j!=-1) { $rep=substr($ARGV[$i],0,$j+1); }
else { $rep="./"; }
if ($j!=length($ARGV[$i])-2) { $file=substr($ARGV[$i],$j+1,length($ARGV[$i])-$j-2); }
else { $file=""; }
if (!opendir(REP,$rep)) { $NbErrors++; }
else {
while ($fichier=readdir(REP)) {
if (-f "$rep$fichier") {
if (!$file or $fichier=~/^$file/) {
$NbFiles++;
CRLF("$rep$fichier");
}
}
}
close REP;
}
}
}

print $NbFiles-$NbErrors." file(s) has/have been modified.\n";
__________________________________________________________________________________________________________



8) програмне забезпечення AMBER встановлена, але AMBER FF файли не можуть бути знайдені. ЧОМУ?


ВІДПОВІДЬ
Ми протестували AmberFFC з AMBER5, AMBER6 і AMBER7. Наприклад, місце "parm91X.dat" файлу відрізняється в цих трьох версій (parm91X.dat знаходиться в ~ / amber5/Leap/lib каталог, в ~ / amber6/dat каталозі, і в ~ / amber7 / DAT / стрибок / ПАРМ каталог). AmberFFC тільки шукає файли AMBER FF в цих трьох колишніх каталогів. Як у нас немає AMBER4, ми не знаємо, де FF файли в цій версії. Якщо деякі AMBER FF файли не знайдені AmberFFC, скопіюйте їх у amberX / DAT каталог (або зробити посилання).


9) "binff" і "binff3" Accelrys скрипти тільки розпочато AmberFFC під IRIX або AIX. ЧОМУ?


ВІДПОВІДЬ
Accelrys продукція в основному, працюють на SGI і IBM RS/6000 робочих станцій. Таким чином, запуск "binff" / "binff3" Accelrys скрипти під Linux / Solaris / HP-UX і Windows, операційна система (ОС) буде мати ніякого інтересу AmberFFC визначає, яка операційна система встановлена на вашій робочій станції. Якщо AmberFFC вважає, що операційна система або IRIX або AIX, то він автоматично виконує "binff" і "binff3" і побудувати два Accelrys бінарних файлів FF (". бен" і ". xfrc" файли з бурштину і GLYCAM FF). Навпаки, якщо він знаходить іншу ОС тільки ASCII або текстові файли (". FRC", ". RLB", ". PLB" і empty_template.dat) генеруються. Про Accelrys і апаратного забезпечення, див http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/sysguide/requirements.html # 911584

Насправді, використовуючи AmberFFC під Linux, Solaris, HP-UX або операційної системи Windows (ОС відрізняється від AIX або IRIX) цікавий тільки для читання / перевірки FF файлів.


10) При "binff" або "binff3" виконуються, помилок справу з SGI "libblas" бібліотеки виглядають. ЧОМУ?


Наприклад, ось дві типові помилки:

діафрагмою 1% binff amber99
Створення нових файлів amber91.bin
10424: binffe: RLD: Fatal Error: Не вдається успішно "libblas_mp.so« карти SONAME
under any of the filenames /usr/msi/License_Pack/irix6m3/libs/libblas_mp.so:
/usr/msi/980/irix6m3/biosymso/libblas_mp.so:/usr/lib32/libblas_mp.so:
/usr/lib32/internal/libblas_mp.so:/lib32/libblas_mp.so:/opt/lib32/libblas_mp.so:
/usr/msi/License_Pack/irix6m3/libs/libblas_mp.so.1:/usr/msi/980/irix6m3/biosymso/libblas_mp.so.1:
/usr/lib32/libblas_mp.so.1:/usr/lib32/internal/libblas_mp.so.1:/lib32/libblas_mp.so.1:/opt/lib32/libblas_mp.so.1:

iris 2% binff3 amber99
10430:discovery: rld: Fatal Error: Cannot Successfully map soname 'libblas.so'
under any of the filenames /usr/msi/License_Pack/irix6m3/libs/libblas.so:
/usr/msi/980/irix6m3/biosymso/libblas.so:/usr/lib32/libblas.so:
/usr/lib32/internal/libblas.so:/lib32/libblas.so:/opt/lib32/libblas.so:
/usr/msi/License_Pack/irix6m3/libs/libblas.so.1:
/usr/msi/980/irix6m3/biosymso/libblas.so.1:/usr/lib32/libblas.so.1:
/usr/lib32/internal/libblas.so.1:/lib32/libblas.so.1:/opt/lib32/libblas.so.1:

ВІДПОВІДЬ
Просто встановіть SGI "libblas" бібліотек. Я думаю, що вони не встановлені за замовчуванням (принаймні, на O2 SGI робочих станцій). Ви можете знайти ці бібліотеки, використовуючи наступні команди:
кд / CDROM/dist/dist6.X і
showfiles-F. | GREP libblas

Ці бібліотеки знаходяться в SGI "IRIX Фонд розвитку" CD-ROM для IRIX 6.3 або в "IRIX Фонд 1" CD-ROM для IRIX 6.5 (я думаю, вам також знадобиться IRIX Overlay [2 з 2] CDROM). Наступні підсистеми: "ftn_eoe.sw.libblas" і "ftn_eoe.sw64.libblas" повинні бути встановлені.


11) При "binff3" виконано, помилки, що стосуються "дублікат номер версії" виглядають. ЧОМУ?


Ось типові помилки, виявлені при "binff3" виконано:

Помилка: Forcefield: Виявлена помилка - дублювати номер версії, в рядку # 172
1,0 1 OW HW 0,9572 553,0000
викликається з
"ReadFile силове файл = amber99"

ВІДПОВІДЬ
Параметр FF присутнє у двох примірниках, amberXX.frc файл. Просто видаліть одну з цих двох ліній. Ця проблема виникає тільки з «binff3", а не з "binff". (Це проблема зустрічається в "parm99.dat" і "gaff.dat" файлів, наприклад)


12) Weiner і співавт. FF з «Атом Юнайтед" не перетвориться AmberFFC. ЧОМУ?


ВІДПОВІДЬ
Вайнер і співавт. FF використовує або "Єдина Атоми" або "Non-водородсодержащего вуглецю". Так як ці версії FF початку, кілька старих, ми вирішили конвертувати тільки Weiner і співавт. FF з "Non-водородсодержащего вуглецю" у форматі Accelrys. Але я думаю, ми могли б легко модифіковані AmberFFC, щоб отримати Weiner і співавт. FF з «Атом Юнайтед».


13) параметри двогранних не знайдені, коли Відкрийте для себе (або ЯМР-Уточнити) не використовується. ЧОМУ?


Ось типові помилки, знайдені в виводить дані Відкрийте для себе:

У наступній таблиці наведені числа взаємодій, для яких параметри були або знайдені в явному вигляді в файлі силовому полі, автоматично генерується з зв'язком інформація про замовлення, або встановлений в нуль, якщо не доступні. Кожний з основних класів взаємодій, вказується окремо. Докладний список всіх взаємодій, що вимагають автоматично генеруються параметри були надруковані в окремому файлі. Замовчуванням ім'я файлу "ім'я_файлу". PRM (логічна одиниця 1). +------------------------------------------------- --------------------------------+
| Валентного зв'язку TORSION OUT-OF-Angle КУТ |
| ДОВЖИНА КУТИ КУТИ ЛІТАКИ CROSS УМОВИ |
| |
| Наявність явного 393 704 0 66 0 |
| Присвоюється автоматично 0 0 0 0 0 |
| Зробити нулю 0 0 1037 0 0 |
+------------------------------------------------- --------------------------------+
Цей пробіг повинен зупинитися через незнайдених параметрів.

ВІДПОВІДЬ
.. Наприклад, в AMBER Корнелл і т.д. та ін Ван FF, двогранний потенціал:

> E = SUM (п = 1,4) {(Vn / м) * [1 + ство (п * Phi - Phi0 (п))]}
> Т = множинність або загальне число кручений зосереджені на тих же облігацій.

"Discover" (FDiscover) не може впоратися з Vn при п = 4, але тільки Vn з п = 3: Ви повинні використовувати "Discover_3" (CDiscover).
У якості «ЯМР-Уточнити" використовує Discover, FF з V4 умовах двугранного не може бути використана з ЯМР-Уточніть. Якщо ви хочете зробити імітації отжига дослідження з AmberFFC FF ви повинні використовувати Discover_3 сценарій. (Див. $ BIOSYM / подарунки / відкрити / btcl)


14) Cys і залишків Met не визнаються AMBER FF перетворені з AmberFFC. ЧОМУ?


Ось типові помилки:

Команда:
(Виконання: потенціал Forcefield Fix-Print_Potentials Fix-Print_Part_Chargs Fix-Print_Form_Chargs ТЕСТ)
Використання 'AmberFFC / empty_templates.dat "файл шаблону для потенційних завдання на залишок TEST: 5
Could not assign potential type to TEST:5:N
Could not assign potential type to TEST:5:CA
Could not assign potential type to TEST:5:HN
Could not assign potential type to TEST:5:HA
Could not assign potential type to TEST:5:C
Could not assign potential type to TEST:5:O
Could not assign potential type to TEST:5:CB
Could not assign potential type to TEST:5:HB1
Could not assign potential type to TEST:5:HB2
Could not assign potential type to TEST:5:SG
Could not assign potential type to TEST:5:LG1
Could not assign potential type to TEST:5:LG2
Could not assign potential type to TEST:5:HG3
Using template file 'AmberFFC/empty_templates.dat' for potential assignment for residue TEST:13
Could not assign potential type to TEST:13:N
Could not assign potential type to TEST:13:CA
Could not assign potential type to TEST:13:HN
Could not assign potential type to TEST:13:HA
Could not assign potential type to TEST:13:C
Could not assign potential type to TEST:13:O
Could not assign potential type to TEST:13:CB
Could not assign potential type to TEST:13:HB1
Could not assign potential type to TEST:13:HB2
Could not assign potential type to TEST:13:CG
Could not assign potential type to TEST:13:HG1
Could not assign potential type to TEST:13:HG2
Could not assign potential type to TEST:13:SD
Could not assign potential type to TEST:13:LD1
Could not assign potential type to TEST:13:LD2
Could not assign potential type to TEST:13:CE
Could not assign potential type to TEST:13:HE1
Could not assign potential type to TEST:13:HE2
Could not assign potential type to TEST:13:HE3

ВІДПОВІДЬ
Ви повинні додати сірки одиноких пар (LP) для Cys і Met залишків для Weiner і співавт. FF. Навпаки, видалити ці сірки самотній пари для Корнелла і співавт. Тип FF. Щоб додати їх, вибраних атомів сірки і використовувати наступну команду InsightII:

(Виконання: Lone_Pairs водні ТЕСТ заряджених Assign_IUPAC_Names)



15) При використанні Відкрийте для себе і amber91/91X (Weiner і співавт. FF), деякі FF параметри відсутні. ЧОМУ?


Ось типові помилки, знайдені в виводить дані Відкрийте для себе:

Помилка: Енергія вираз: не можу знайти параметри кута: CB (КТ)-CG (C)-OD2 (OH)
Помилка: Енергія вираз: не можу знайти параметри кут: OD1 (O)-CG (C)-OD2 (OH)
або
Помилка: Енергія вираз: не можу знайти параметри кута: CG (КТ)-компакт-диск (C)-OE2 (OH)
Помилка: Енергія вираз: не можу знайти параметри кут: OE1 (O)-компакт-диск (C)-OE2 (OH)
або
Помилка: Енергія вираз: не можу знайти параметри для зв'язку: CE (КТ)-NZ (NT)

ВІДПОВІДЬ
Деякі FF параметри відсутні протягом трьох амінокислот: Asp, Glu і Lys (нейтральний бічного ланцюга для цих трьох амінокислот) в Вайнер та ін FF.:
У вас є дві можливості:
- Візьміть відсутній FF параметри з Корнельського та ін FF і додати їх у Вайнер та ін файлу FF...
- Використання Корнелл та ін FF, наприклад, (нова FF)..



16) Використання Відкрийте для себе і FF перетвориться AmberFFC, нейтральні кінці амінокислот, не зізнаються. ЧОМУ?


Ось типові помилки:

(Executing: Potentials Forcefield Fix -Print_Potentials Fix -Print_Part_Chargs Fix -Print_Form_Chargs TEST)
Using template file '/usr/people/guest/AmberFFC-1/empty_templates.dat' for potential assignment for residue TEST:1
Could not assign potential type to TEST:1:N
Could not assign potential type to TEST:1:HN1
Could not assign potential type to TEST:1:HN2
Could not assign potential type to TEST:1:CA
Could not assign potential type to TEST:1:HA
Could not assign potential type to TEST:1:C
Could not assign potential type to TEST:1:O
Could not assign potential type to TEST:1:CB
Could not assign potential type to TEST:1:HB1
Could not assign potential type to TEST:1:HB2
Could not assign potential type to TEST:1:HB3
Увага: загальне офіційне обвинувачення не відповідає загальному часткової оплати.

ВІДПОВІДЬ
З InsightII, ви можете вибрати, які решт ви хочете для вашого пептиду / білка:
- Будь-яка нейтральна (NH2) або обвинуваченого (NH2 +) аміногрупи
- Будь-яка нейтральна (CO2H) або заряджені (СО2) кислоти групи
У AMBER FF, тільки заряджені кінці присутні в базі даних амінокислот топології кислоти.
Один виняток: кінцева нейтральної групи кислоти (насправді, група ОН) присутній в Вайнер та ін амінокислоти бази даних топології кислоти.. У вас є дві можливості:
- Використовуйте стягується решт для ваших двох кінцевих амінокислот або
- Використовуйте інший Accelrys FF: FF CVFF, наприклад.



17) тип LP атомі не вистачає в amber99. ЧОМУ?


ВІДПОВІДЬ
"Can_Write" AmberFFC функції (рядки 409-429 в коді) використовується для видалення небажаних / невикористані типів атомів в AMBER (і GLYCAM) файли FF параметра. Таким чином, всі єдині атоми видаляються з amber91 і amber91X версії і тип LP атома пригнічується в amber99. Якщо ви хочете, щоб повернути його, просто змініть лінію 414 в коді.


18) Як модель малих молекул, таких як органічні молекули з FF перетвориться AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
AmberFFC перетворює AMBER і GLYCAM FF у форматі Accelrys. Якщо ви хочете використовувати ці FF для моделювання деяких інших молекул, ніж цукор, пептиди або олігонуклеотиди, можна побудувати самостійно amberXX_templates.dat або glycam_XX_templates.dat файл. Роль файл templates.dat є створення атома типів (або потенціали для Accelrys) для FF, якщо вивчав молекули не є таблиця залишків бібліотеки. Ви можете прочитати amber_templates.dat або cvFF_templates.dat файли (у каталог $ BIOSYM_LIBRARY) як приклади і читати наступним веб-сайтом, щоб отримати правила для створення повного файлу: http://www.accelrys.com/doc/ life/insight2K/insight/a_PTR.html # 309226. Ви також можете створювати свої власні бібліотеки залишку (". RLB" файл) для молекули.

Багор FF був створений для цієї мети! (Див. також питання і відповідь 28 і FAQ 29 ). Таким чином, простий спосіб може бути створення топології інформацію, необхідну для досліджених молекул в "gaff.rlb" файл, див http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/formats980/File_Formats_1998.html # 144453 ).


19) Чому використовувати бібліотеку USER ФРАГМЕНТ побудувати глікокон'югатов в InsightII?


ВІДПОВІДЬ
1 - В пакет програмного забезпечення Accelrys, існує зв'язок між ФРАГМЕНТ бібліотеки (використовується для побудови молекул, таких як олігопептиди та олігонуклеотиди з "біополімерів" модуль), а залишок бібліотеки належать FF (наприклад, із силовим полем CVFF, "cvff.rlb" файл використовується, щоб відповідати залишку імена, імена атома, часткового звинувачення і атом типів вивчав молекули). Дійсно, атом імена, залишок імен, правила зв'язку між різними підрозділами створюються в залишку і фрагмент бібліотеки в шлях дозволяє ідеально підходять між цими двома бібліотеками. Таким чином, олигопептид побудований з "біополімерів" Модуль буде автоматично розпізнаватися силове поле CVFF.
2 - AMBER FF топології бази даних амінокислот і нуклеотидів ("all_amino94.in", "all_aminont94.in", "all_aminoct94.in" і "all_nuc94.in" файли, Корнелл та ін FF, наприклад. ) акцій подібних правил з відповідними Accelrys FF бази даних (залишок бібліотеки надаються Accelrys ", cvff.rlb" і "amber.rlb" файлів, наприклад).
3 - Крім того, AmberFFC перетворює FF для Accelrys молекулярної механіки модулів зберегти норми міститься в програмних AMBER (FF параметри, топології, зв'язок і т.д...) з деякими незначними змінами.
=> Так пептиди (або олігонуклеотиди), побудований з використанням Accelrys амінокислот бібліотеки фрагмент і "біополімерів", сумісні з AMBER FF перетвориться AmberFFC.

На жаль, моносахарид правил топології (зокрема, тип зв'язку між двома цукру), обраних Вудс і співавт. У їх FF відрізняються від тих, знайти в бібліотеці ФРАГМЕНТ цукру Accelrys. Таким чином, ми вирішили побудувати нову бібліотеку ФРАГМЕНТ користувача, який повністю сумісний з Вудс та ін FF ("frags.def" і "FF_frag_user.psv" файли надаються з AmberFFC коду;. Отримувати інформацію про "фраги. град "файлів см. http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/insight/a_FRAG.html # 681795 ; ви також можете поглянути на http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K / formats980/File_Formats_1998.html # 144453, щоб зрозуміти зв'язок між ". RLB", ". ПСВ" і "frags.def" файлів). Таким чином, три GLYCAM FF перетвориться AmberFFC (і зокрема glycam_XX.rlb файлів; XX = 93, 2000 або 2010) автоматично розпізнає олігосахаридів та / або глікопептидів побудовані з використанням цієї нової бібліотеки ФРАГМЕНТ USER. Більш того, нові юніти цукор, яких немає в ФРАГМЕНТ Accelrys цукру бібліотеки як Abequose, L-фукози і сіалова кислоти тепер доступні...


20) Як використовувати цю нову бібліотеку ФРАГМЕНТ КОРИСТУВАЧУ з GLYCAM FF?


ВІДПОВІДЬ
Дивіться http://www.accelrys.com/support/life/insight/index.html веб Accelrys сайт для більш якісної інформації.
"Як я можу створити новий фрагмент вуглеводів?"
"Як я можу додати до ДНК залишків фрагмента бібліотеку?" і
"Як я можу додати свої власні фрагменти бібліотеки Insight II, фрагмент"?

У всякому разі, ось приклад того, як використовувати "GLYCAM_93" FF з новою бібліотекою ФРАГМЕНТ USER забезпечені AmberFFC:

Увійти, використовувані в цьому прикладі: / USR / люди / гість
iris 1% mkdir MyFrag
iris 2% cp $BIOSYM/data/insight/frags.def /usr/people/guest/MyFrag
iris 3% cp $BIOSYM/data/insight/FF_*.psv /usr/people/guest/MyFrag

Збережіть стару версію бібліотеки USER ФРАГМЕНТ надаються Accelrys
iris 4% cd MyFrag;
iris 5% cp frags.def frags.def.orig
iris 6% cp FF_frag_user.psv FF_frag_user.psv.orig

Copy the NEW "frags.def" and "FF_frag_user.psv" provided with AmberFFC in the "MyFrag" directory:
iris 7% cp /usr/people/guest/AmberFFC/lib/frags.def /usr/people/guest/MyFrag
iris 8% cp /usr/people/guest/AmberFFC/lib/FF_frag_user.psv /usr/people/guest/MyFrag

Change the permissions of the "MyFrag" files:
iris 9% chmod 666 /usr/people/guest/MyFrag/*.psv
iris 10% chmod 666 /usr/people/guest/MyFrag/frags.def

For "tcsh" or "csh" shells: edit $HOME/.cshrc and add in the ".cshrc" file
setenv INSIGHT_DATA /usr/people/guest/MyFrag
=> save and quit
iris 11% source $HOME/.cshrc

На даний момент, ви готові до використання Нова бібліотека ФРАГМЕНТ USER в InsightII:
Ця бібліотека є сумісним з "glycam93.rlb" файл (залишок БІБЛІОТЕКА ". RLB" файл) отримані з використанням AmberFFC. Якщо ви використовуєте ФРАГМЕНТ DEFAULT цукру БІБЛІОТЕКА передбачено в InsightII, ви не зможете використовувати GLYCAM_93 FF перетвориться AmberFFC.

Для відображення цієї нової бібліотеки, використовуйте "біополімерів / фрагмент / отримати" команди з pulldowns InsightII:
У FRAGMENT_WINDOW, натисніть на кнопку "Бібліотеки Частковий..." кнопки. Переключити "вимкнено" Загальні Фрагменти і перемикання "на" бібліотеки User => "ОК"
=> 46 ЦУКОР одиниці присутні в три GLYCAM FF повинні бути показані.

Важливий момент: облігації у фіолетовий колір повинен використовуватися для блоків посилань разом!
Вони повинні зникнути в кінцевому глікопептидів або олігосахаридів (після побудови глобальної структури) в іншому випадку Accelrys GLYCAM_93 FF не визнає остаточна структура.


Давайте візьмемо приклад: Щоб побудувати тетрасахарідних "OLIGO":
FA0 -> 6 L_Fuc-a(1,6)
GA0 -> 4 MBT -> AGL or D_Glc-a(1,4)-D_Man-b-OMe
GB0 -> 3 D_Glc-b(1,3)

Просто запустіть InsightII в "не-графічних" способом за допомогою "Oligo.log" файл з X-термінала:
райдужна оболонка ока 12% луна джерело Oligo.log | insightII-прі> Accelrys.out

Oligo.log файл:
# Insight II версії 2000 - Молекулярна система моделювання
м: біополімерів
# Нові БІБЛІОТЕКА ФРАГМЕНТ USER використовується
m:Get Fragment To_Modify_Bond MBT OLIGO
m:Bond Create Fragment_Window Single OLIGO:1:H12 AGL$:1:HO -Assimilate
r:Bond Create Fragment_Window Single OLIGO:1:H6 FA0$:1:H12 -Assimilate
r:Bond Create Fragment_Window Single OLIGO:1:HO4 GA0$:1:H11 -Assimilate
r:Bond Create Fragment_Window Single OLIGO:1:HO3 GB0$:1:H12 -Assimilate
# GLYCAM_93 силового поля в "AmberFFC" каталог
м: Виберіть Forcefield Clear_Potentials-Clear_Charges / usr/people/guest/AmberFFC/glycam_93.frc-Make_Copy
м: Потенціали Forcefield Fix Print_Potentials Fix-Print_Part_Chargs Fix-Print_Form_Chargs OLIGO
# Atom типів і збори, зберігаються в. Автомобіля і. Мдф файли
м: Покладіть Молекула Biosym OLIGO оліго-перетворені-Переглядів-PBC_File
м: Вийти Підтвердження

А подивіться на "Accelrys.out" файл отриманий, ви повинні мати:
Потенціали для вирахуванням 1 взяті із залишків бібліотеки
Потенціали для залишку 1B взяті із залишків бібліотеки
Потенціали для залишків 1С взяті із залишків бібліотеки
Потенціали для залишку 1D взяті із залишків бібліотеки
Потенціали для залишку 1E взяті із залишків бібліотеки
Оригінальний повний заряд на молекулі 0,000
Новий повний заряд на молекулі 0,000

=> GLYCAM_93 FF визнає тетрасахарідних OLIGO і oligo.car і oligo.mdf файли зберігаються з правом типів атомів і зборів.
=> Перевірити FF параметри, необхідні для вашої олігосахарид:
Дійсно, деякі FF параметри відсутні в glycam_93.frc файл. Ви можете взяти бракуючі з AMBER FF, таких як "amber91X". Спосіб перевірити, які FF параметри вистачає, так це використати "force_field / табулювання" команду в InsightII (мати на увазі, що Є багато помилок у цій команді InsightII!)

(Виконання: табульованого Forcefield Молекула OLIGO Output_Internals Output_Non_Bonds Missing_Only ТЕСТ)

Зокрема, не забудьте завершити "# hbond_definition розділі" в кожному glycam_XX.frc (XX = 93, 2000 або 2010) файл як три GLYCAM FF і раніше використовувати hydrogen_bond взаємодії в потенційні AMBER. Якщо ви змінили ". FRC" файл, не забудьте знову запустити "binff" і "binff3" для поновлення двійкових файлів FF.


21) Де поставити три GLYCAM FF в дереві файлової системи?


ВІДПОВІДЬ
AmberFFC була написана для автоматичного перетворення GLYCAM FF якщо вони знаходяться в бурштині / DAT каталог, в наступні підкаталоги:
~ / AmberX/dat/glycam/glycam_93 X = 5, 6 або 7 для "amber5", "amber6" або "amber7", наприклад.
~ / AmberX/dat/glycam/glycam_2000
~ / AmberX/dat/glycam/glycam_2010

Якщо програмне забезпечення AMBER встановлена на вашій машині, просто додайте GLYCAM FF в дереві файлової системи, як це описано вище. Якщо у вас немає AMBER програмне забезпечення, достатньо вказати, де знаходяться три GLYCAM підкаталоги в AmberFFC код і використовувати "неавтоматичного" способом (або другим способом), щоб запустити AmberFFC (див. питання і відповіді 5 для отримання додаткової інформації).



22) При GLYCAM FF перетворюються в формат Accelrys по AmberFFC, Missing_glycamXX створюються файли. Чому?


ВІДПОВІДЬ
Вудс і співавт. Побудований моносахаридів одиниць для трьох різних GLYCAM FF. На жаль, деякі об'єкти, де розроблений тільки для одного з трьох GLYCAM FF і пропали безвісти в двох інших. Наприклад, "3lna.prep" файл присутній в "GLYCAM_2010" FF, але не вистачає в "GLYCAM_93" і "GLYCAM_2000" них. Таким чином, ми вирішили написати AmberFFC так що, якщо блок був вже розроблений для однієї з трьох GLYCAM FF, AmberFFC здатний перетворити цей пристрій протягом інших. Справді, всі одиниці в бібліотеці USER ФРАГМЕНТ забезпечені AmberFFC, можуть бути "потенційно" перетвориться AmberFFC для трьох GLYCAM FF. Кожен символ (наприклад, "2ma.prep") має дуже важливе схожість в GLYCAM FF. Вони відрізняються тільки типом атома і заряд стовпців (другий і останній з них в ". Підготовчі" файли, відповідно). Таким чином, якщо відомі одиниці (тобто присутній в новій бібліотеці ФРАГМЕНТ USER і вже знайшов принаймні один з трьох GLYCAM FF) розвивається після Вудсом і співавт. Або GLYCAM користувач ще GLYCAM FF, кожен зможе використовувати його в програмне забезпечення Accelrys як тільки він був перетворений AmberFFC. Якщо одиниці не існують в нову бібліотеку фрагмент користувачів з'являються в Інтернеті (тобто абсолютно невідомих пристрої, наприклад, "4la.prep"), цю бібліотеку користувачем фрагмент буде оновлюватися і AmberFFC повинні бути в змозі перетворити це зовсім невідомих блок за рахунок включення дуже прості зміни в свій код.

Як цукор одиниць були розроблені тільки для одного або двох GLYCAM FF, то це означає, що деякі олігосахариди не будуть визнані три GLYCAM FF. Наприклад, якщо взяти тетрасахарідних "OLIGO" (див. також питання і відповіді 20 ), він не буде визнаний (сьогодні, 1 червня, 2001), "GLYCAM_2010", тому що Ga0 і GB0 одиниць до цих пір не розроблені для цього FF. Тим не менш, нові підрозділи повинні незабаром з'явитися на останньому FF.


23) Як GLYCAM бібліотеки відрахувань побудований AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
Для перетворення amberXX.rlb файлів, AmberFFC використовує Accelrys "cvff.rlb" і "amber.rlb" файли формату донора. Ці два файли наведені в пакет програмного забезпечення Accelrys. У зв'язку з відсутністю бібліотеки цукрового залишку доступна в пакет програмного забезпечення Accelrys, ми вирішили побудувати GLYCAM бібліотеки відрахувань використання різних стратегій, тобто без файлів формату Accelrys донора. glycam_XX.rlb файли (XX = 93, 2000 або 2010) були просто перетворені безпосередньо з GLYCAM ". підготовчі" файлів, що входять в кожен FF. Наприклад, колонки атома ім'я номер два в GLYCAM ". Підготовчі" файлів і номер один в Accelrys ". RLB" файлів. Подібні відмінності між двома програмного забезпечення також існують для атома типів і часткового звинувачення. Деякі пристосування були також зроблені (атом ім'я, неправильне кручення і т.д....).


24) Як моносахаридів одиниць диференційовані glycam_XX.rlb файл?


ВІДПОВІДЬ
InsightII відрізняє ОДИНИЦЬ в ЗАЛИШКИ бібліотеки головним чином на основі числа атомів і атома імен, що фігурують в даному апараті. КЗС, GLC-б, Людина-и осіб-б моносахаридів мають однакове число атомів і повинна "нормально" мають ті ж імена атома. Якщо такі правила застосовуються, InsightII НЕ здатні диференціювати ці чотири цукру. Таким чином, ми вирішили диференціювати кожного моносахариду, використовуючи різні назви атома кисню ендоцікліческіх присутня у всіх цукрів. Ми вирішили, для збільшення ендоцікліческіх ім'я атома "ORX" (X = позитивне ціле число), засновані на алфавітному порядку ". Підготовчі" файли з'являються, коли "LS-л" UNIX команди оболонки використовується. Таким чином, пристрій присутній або відсутній в бібліотеці ФРАГМЕНТ відрахувань завжди має те ж ім'я "ORX" для своїх ендоцікліческіх кисню, ім'я, яке можна знайти в бібліотеці ФРАГМЕНТ USER, визначається в алфавітному порядку.

Ось кілька прикладів атома імена "ORX" використовуються:

». Підготовчі" імена файлів ендоцікліческіх кисню ім'я
AMBER версії програмного забезпечення AMBER версії програмного забезпечення Accelrys версії програмного забезпечення
(Woods і співавт.) (Вудс і співавт.) (Старовинна по AmberFFC)
23ma.prep OR OR1
26ma.prep OR OR2
2ga.prep OR OR3
2lb.prep OR OR4
etc...
2xa.prep OR OR6
2xb.prep OR OR7
etc...
34nn.prep OR OR9
34no.prep OR OR10
etc...
sa.prep OR OR44
xa.prep OR OR45
xb.prep OR OR46

Це означає, що є 46 цукрових одиниць в бібліотеці USER фрагмент забезпечені AmberFFC.


25) моносахарид одиниці імена GLYCAM FF (AMBER програмне забезпечення) трохи відрізняються від тих, від версії Accelrys. Чому?


ВІДПОВІДЬ
Моносахарид імена одиниця, використовувана Вудсом і співавт. (AMBER версії програмного забезпечення), як правило, починаються на число. Такі правила не прийняті в бібліотеках Accelrys фрагмента. Таким чином, ми змінили назву кожної одиниці на основі імені файлу і близький найменування одиниці тримали в Accelrys версія GLYCAM FF "преп.":
(Я) Якщо число знаходиться в першій позиції ". Підготовчі" ім'я файлу (AMBER версії програмного забезпечення), це число переїхав до останньої позиції (наприклад, "23ma.prep" стає "MA23").
(II), якщо номер не знайдений в імені файлу, "нульовий" номер додається в кінці імені (наприклад, "fa.prep" стає "Fa0")

Ось декілька прикладів:

». Підготовчі" імена файлів групи імен в полях GLYCAM силу
AMBER версії програмного забезпечення AMBER версії програмного забезпечення Accelrys версії програмного забезпечення
(Woods і співавт.) (Вудс і співавт.) (Старовинна по AmberFFC)
23ma.prep 23M MA23
346mb.prep TMB MBT
46nn.prep N46 NN46
4ga.prep 4GA GA4
4sa.prep 4SA SA4
aa.prep AA AA0
lna.prep LNA LNA0
etc...
oh.prep OH OH0
ome.prep OME AGL

"Ca.prep" і "na.prep" одиниць були добровільними не перетворюються.



26) Ось деякі помилки виправляти в GLYCAM ". Підготовчі" файлів


ВІДПОВІДЬ
GLYCAM_93 FF версія:
1 - "fb.prep" повинна бути перейменована в "fa.prep". У цьому файлі рядки 3 та 4:

B-(AXIAL!)-L-FUCO-..... => A-(ОСЬОВІ)-L-FUCO-
fb.dat => fa.dat

("Fb.prep" звуть не так, так що якщо ви не зміните його в "fa.prep", AmberFFC не зможе перетворити цю установку!) У конфігурації фукози є "L", " "Конфігурація екваторіальній (для класичної 4С1 конформації крісло). Однак, як L-фукози є 6-дезокси-L-цукру, 4С1 конформації крісло менш стабільна, ніж 4С1 один. Таким чином, L-фукози приймає конформацію 4C1 стільця і його "" зв'язок стає осьової і не екваторіальний.

2 - "46no.prep"
У цьому файлі рядок 5:

46N => 46 °

(Це останнє помилка може бути виправлена для використання з програмним забезпеченням, бурштин; Як AmberFFC не використовує цей рядок 5, це помилка не важливо для програмного забезпечення Accelrys)


27) Чому одні атом вуглецю імена зміна Neu5Ac одиниць?


ВІДПОВІДЬ
Атом імена двох перших вуглеців (і атомів, пов'язаних з цими двома атомами вуглецю) були змінені в Neu5Ac одиниць ("4sa.prep" і "sa.prep" GLYCAM файли), як це таким чином:

GLYCAM атома імена Accelrys атома імена
(Новий фрагмент USER і залишків бібліотеки)
C1 C2
O1A O2À
O1B O2B
C2 C1 => використовується в гликозидной зв'язку
H2 H1

У новому USER Accelrys ФРАГМЕНТ і залишків бібліотеки ми побудували, кожен гликозидной зв'язку між двома моносахаридів здійснюється між атомом С1 перший цукру і кисню (положення 2, 3, 4 або 6, наприклад), другий цукру. У сіалова кислоти (Neu5Ac) одиниць, C2 атома є той, який мається на увазі в гликозидной зв'язку. Для того, щоб зберегти однорідні правила між різними цукрами (КЗС, Гал, Ман енд Neu5Ac), які дозволяють сумісності та визнання між ФРАГМЕНТ USER і залишків бібліотеки, атом ім'я C1 і C2 атомів місцями для "SA4" і "SA0" Accelrys одиниць.


28) Чому "binff" і "binff3" не виконується AmberFFC для перетворення багор?


ВІДПОВІДЬ
Коли "binff" і "binff3" виконуються, дві помилки можуть бути отримані:

Створення нових файлів gaff.bin
ПОМИЛКА: надто багато параметрів для поточного РОЗМІРИ.
Одному або декільком з наступних розмірів повинна бути збільшена
НЕОБХІДНІ обмеження струму LIMIT
471 1500
1845 1500
0 5000
35 1500

49 8000

-1 - Ця проблема (тільки пов'язані з "binff") тільки зіткнувся з першою версією Гаффі [тобто з "gaff.dat" файл, а не з більш новими версіями ("gaff.dat.1.1", "gaff.dat.1.2 "або..." gaff.dat.XY "файлів)]. Здається, що число FF paramters обмежений у Accelrys. FRC файл... Таким чином, потрібно або зменшити їх кількість в "gaff.frc" файлу (видаливши вручну з них, які не потрібні, наприклад) або використовувати gaff.dat.1.1 або gaff.dat.1.2 версії для отримання багор. FRC Accelrys файл (Не забудьте перейменувати "gaff.dat.XY" файл в "gaff.dat" перед виконанням AmberFFC).

-2 - Коли "binff3" виконано, численні помилки, що стосуються "дублікат номер версії" відображаються (див. також питання і відповіддю 11 ).
Ретельно перевірте FF параметри, які з'являються у двох примірниках, багор FF, щоб вибрати той, який ви хочете / потрібно використовувати!

Через цих двох проблем, ми вирішили не автоматично виконувати "binff" і "binff3", коли Острога FF перетвориться. Таким чином, необхідно вирішити вручну ці дві проблеми, а потім, вручну запускати "binff" і "binff3", тобто командою:

binff багор
binff3 багор



29) Чому немає бази даних, топології створюється AmberFFC для перетворення багор?


ВІДПОВІДЬ
Просто тому, що AMBER не надає такої бази даних. Таким чином, потрібно створити вручну топології інформацію, необхідну для молекули, є зацікавленість в (шляхом створення відповідних "gaff.rlb" файл, див http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/formats980 / File_Formats_1998.html # 144453 )



30) Чому нову "FF02" і "ff02EP" FF не перетворюються по AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
Вони не є і не буде перетворено, оскільки Discover (FDiscover і CDiscover) не обробляє поляризації. Дійсно, "FF02" і "ff02EP" FF FF є polarizabled з "ГАЗ-фаза» звинувачення, що означає, що поляризація які повинні бути прийняті до уваги в FF [відповідне ключове слово "ipol = 1" в "шліфувальний" (див. HTTP : / / amber.scripps.edu / dbase.html )]. Навпаки, Корнелл і співавт. Тип FF даний звинувачень, що ведуть до перебільшеним дипольного моменту, а це означає, що неявне поляризація використовується (тобто кількість поляризації, можна було б очікувати у водному розчині), і що поляризація не повинні бути взяті до рахунку (відповідає "ipol = 0" в шліфувальний).



31) здійснення відмінності FF в бурштин і Accelrys програмного забезпечення. Наслідки $ до н.е. змінної.


ВІДПОВІДЬ
$ BC = "РБК"; залишок заснований обрізання (за замовчуванням змінної, див. рядок 1514 в коді),
$ BC = "GBC"; група, заснована відсічення.

Принципова відмінність в реалізації FF і помаранчевим Accelrys програм по відношенню до обробки незв'язаних відстань відсічення. Як розрахунку всіх не-зв'язок взаємодій обчислювальних ресурсів для великих молекул, молекулярної механіки програм використання відключень нехтувати незв'язаних взаємодій для пар атомів, розділених відстанями більше певного значення. Такі відстані відсікання програмного забезпечення залежні: AMBER використовує залишок основі відключень (див. http://amber.scripps.edu/doc6/index.html, або "AMBER-ш-10.2.html" файл в AMBER6 документації), в той час як Accelrys молекулярної механіки модулі використовують або атом або група, заснована відключень (див. http://www.accelrys.com/doc/life/insight2K/ffbs/3_Setup.html # 1112957 ). Розбіжних лікування незв'язаних відключень відстань може привести до деякого електростатичного відмінності енергії в два програмного забезпечення. Таким чином, кожен користувач повинен бути в курсі цієї проблеми, перш ніж використовувати перетворені AMBER FF в програмному забезпеченні Accelrys.
Якщо $ BC = "GBC" використовується в AmberFFC перспективі кожної одиниці (нуклеотидних або амінокислотних наприклад), знайдений у бібліотеці файлів залишок Accelrys складається з кількох "груп атомів" (кілька "перемикання атомів» вибираються ж одиниці), провідні до групи засновані моделювання відсічення. Навпаки, якщо $ BC = "РБК" кожна одиниця містить унікальний «атом групи" (унікальний "перемикання атома" присутній в середині блоку), що ведуть до залишку розрахунками відсічення. Заміна кількох перемикання атомів єдиний в середині залишок призводить до «залишок-як" лікуванням обрізання Accelrys молекулярної механіки модулів і може дозволити, щоб отримати більше "AMBER-як" електростатичного значення енергії. Однак, використовуючи "немає відсічення» моделювання, може бути кращий спосіб отримати ідентичні незв'язаних значень енергії в цих двох програм.


32) Що таке сенс $ XTERM змінної в AmberFFC код?


ВІДПОВІДЬ
$ XTERM = "на" або "вимкнено" ("на" за замовчуванням змінної, див. рядок 1415 в коді)

Якщо $ XTERM = "о", AmberFFC програма запускається в новому X-термінала вікно, що дозволяє автоматично настроювати розмір шрифту і колір цього нового терміналу X. Крім того, вона дозволяє притягнути до відповідальності використанням AmberFFC як "суперкористувача »(Вона ніколи не буває хорошим думаю, для запуску програм, як" корінь ").
Якщо $ XTERM = "вимкнено", AmberFFC запущений в тому ж терміналі, ніж той, де "Perl AmberFFC" побіг. Використання $ XTERM = "вимкнено", може бути цікаво для запуску AmberFFC в Мережі; особливо якщо брандмауер даний час між двома машинами і X-Window сесій не дозволяється.


33) Відмінності між AmberFFC версій 1.0, 1.1, 1.11, 1.2 та 1.3.


ВІДПОВІДЬ
Див також "ІСТОРІЯ" файл.
1 - AmberFFC версії 1.1:
- Це вже не є можливим запуск AmberFFC як "суперкористувача" (корінь),
- AmberFFC виконаний в новому X-термінала вікно, що дозволяє настроїти автоматичне робоче вікно (тільки для UNIX Операційна система (ОС), а не для Microsoft (MS) ОС), див ліній 1415-1445 кодексу. Ми тестували тільки "dtterm" (для AIX, HP-UX і SunOS), "Xterm" (для LINUX) і "Winterm" (для IRIX). Для інших ОС UNIX ", Xterm" використовується за умовчанням (див. рядок 1440), і ви, можливо, доведеться замінити "Xterm" іншим X-термінала, більш відповідним до ваших особистих випадку. Більше того, якщо у вас є Perl 4.0 і Perl 5.0 встановлений на робочій станції, "Перлина" двійковий, ймовірно, відповідає Perl 4.0 і "perl5" від одного до Perl 5.0. У цьому випадку, вам доведеться замінити слово "Perl" на "perl5" в лінію, відповідну вашій ОС UNIX (див. рядки 1423-1424 наприклад).

2 - AmberFFC версії 1.11:
- Помилка № 1 коригується (див. файл ВІДОМІ ПОМИЛКИ),
- Помилка № 2 буде виправлена (див. файл ВІДОМІ ПОМИЛКИ).
- FDiscover можете використовувати amber91 і amber91X FF, оскільки ці 2 версії використовувати тільки Vn (п = 1 до 3) двогранний столом, і взагалі все FF, які не використовують терміни V4 двогранний (таких, як GLYCAM_93).

3 - AmberFFC версії 1.2:
- Looooot поліпшень в AmberFFC код ($ до н.е., і $ XTERM змінних, переписування ". FRC" розділ дозволяє більшу гнучкість, і т.д...)
- Перетворення в Accelrys форматі трьох GLYCAM FF.

4 - AmberFFC версії 1.3:
- Ряд поліпшень в AmberFFC код...
- Перетворення в формат Accelrys Сіммерлінг та ін і багор FF..



34) Як запустити AmberFFC (версії 1.0 => 1.3) в мережі?


ВІДПОВІДЬ
1 - Від UNIX клієнт на сервер UNIX:
- Для AmberFFC версії 1.0, це дуже легко по «Telnet».
- Для AmberFFC версії 1.1-1.3: Чи є "Xhost ip_address" (або "Xhost +") в X-термінал клієнт, перш ніж робити "Telnet", і це повинно бути в порядку. Справді, X-вікна доступу має бути дозволено. Воно має бути достатньо, якщо ви не маєте брандмауер між двома машинами UNIX (див. також питання і відповіді 32 ).

2 - з ОС Windows (WinNT, Win9x, Win2K) клієнта на сервері UNIX
- Для AmberFFC версії 1.0, це дуже легко по «Telnet».
- Для AmberFFC версії 1.1-1.3: хорошим способом було б встановити X-вікні емулятора під вікнами машини (наприклад, див перевищувати: http://www.dcsi.com/Hummingbird/ )



35) звернень AMBER і GLYCAM FF


ВІДПОВІДЬ
. Вайнер та ін FF:
- Вайнера, SJ; Kollman, Пенсільванія; Справа, Д., Сингх, UC; Ghio, C.; Alagona Г.А., Profeta С., молодший і Вейнер П. Нові Field Force молекулярної Механічні Моделювання нуклеїнових кислот і білків. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
. - Вайнера, SJ; Kollman, Пенсільванія; Нгуен, DT і випадок, Д. А. Всі поля Atom групи з моделювання білків і нуклеїнових кислот J. Обчислити. Chem. 1986, 7, 230-252.

. Корнелл та ін FF:
- Корнелл, WD; Чепляка П., Бейлі, CI; Гулд, ІК; Мерц, KM-молодший; Фергюсон, Д. М.; Spellmeyer, CD; Фокс, Т., Колдуелл, JW і Kollman, PA другий Field Force покоління для моделювання білків, нуклеїнових кислот і органічних молекул. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
- Kollman П., Діксон, Р.; Cornell, W.; Фокс, Т.; Chipot С і Pohorille, А. розвитку / застосування "мінімалістський" органічного / біохімічні молекулярного силового поля механік, використовуючи комбінацію AB з перших принципів розрахунків і експериментальних даних. У Комп'ютерне моделювання біомолекулярних систем, Вілкінсон, П. Вейнер, В. Ван Gunsteren ред., Elsevier, 1997, Vol. 3, р 83-96.
.. - Четам, Т. III; Чепляка, П. і Kollman, П. А. Модифікована версія Корнелл та ін силового поля з поліпшеними цукру морщити фаз і гвинтових повторити J. Biomol. Структури. Дін. 1999 16, 845-861.

. Wang та ін FF:
- Ван, J.; Чепляка, П. і Kollman, PA Наскільки добре перепідготовку електростатичного потенціалу (RESP) Модель Виконайте в розрахунок конформаційних енергій органічних і біологічних молекул Дж.? Обчислити. Chem. 2000, 21, 1049-1074.

. Сіммерлінг ін FF:
. - Сіммерлінг, C.; Strockbine, Б. і Ройтберг, А. Е. Все-Атом Прогнозування структури і доладна Моделювання Стабільний білка J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258-11259.

GLYCAM FF:
- Вудс, RJ; Dwek, RA; Прикордонний CJ і Б. Фрейзер-Рід, Б. Молекулярні механічні та молекулярної Моделювання динамічних глікопротеїнів і олігосахаридів. 1. GLYCAM_93 параметрів розвитку. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3832-3846.

- Pathiaseril, А. і Вудс, RJ відносні енергії зв'язування для антитіло-антиген-вуглеводна комплекси Комп'ютерна від вільно-Енергія Моделювання J.. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 331-338.



36) Хто написав AmberFFC і як привести AmberFFC?


ВІДПОВІДЬ
- Вайнера, Cornell, Kollman, Четам і Ван та ін Силові поля були перетворені.:
А. Dejoux (1), П. Чеплак (2), Г. Moyna (3) і F.-Y. Dupradeau (1) *

- Поля GLYCAM групи були перетворені шляхом:
Н. Hannick (1), П. Чеплак (2), Г. Moyna (3) і F.-Y. Dupradeau (1)

- Сіммерлінг та ін і багор Силові поля були перетворені.:
F.-Y. Dupradeau (1), П. Чеплак (2) і Г. Moyna (3)

(1) faculté де Pharmacie, Ам'єн, Франція
(2) кафедра хімії. Варшавського університету, Польща
(3) кафедра хімії. І Biochem. Університету наук у Філадельфії, США


Будь ласка, приведіть наступне посилання при використанні AmberFFC:
А. Dejoux, П. Чеплак, Н. Hannick, Г. Moyna & F.-Y. Dupradeau, AmberFFC, гнучка програма для перетворення AMBER і поля GLYCAM сили для використання в комерційних молекулярної пакетів моделювання, J. Мол. Модель. 2001, 7, 422-432.


Ваші пропозиції і питання вітаються.

F.-Y. Dupradeau * електронною поштою: fyd@q4md-forcefieldtools.org


Останнє оновлення цієї AmberFFC сторінку: 19 березня 2007
Published (Last edited): Aug 9 , source: http://q4md-forcefieldtools.org/AmberFFC/faq_1.3.htm