Medlinebib праграмы

Дакументацыя для medlinebib праграмы ніжэй, са спасылкамі на адпаведныя праграмы ў "гл. таксама" падзел.

{  version = 1.91; (* of medlinebib.p 2011 Apr 14}

(* begin module describe.medlinebib *)
(*
name
  medlinebib: пераўтварыць Medline Unix запыту фармаце BibTex фармаце

synopsis
  medlinebib(query: in, medlinebibp: inout, bibformat: out, output: out)

files
  query: Запыт Medline фармат файла ў фармаце Unix створаныя Entrez.

  bibformat: Спасылка ў запыце аказаныя ў BibTex фармаце. Назва, загорнуты ў адпаведнасці з зменнай titlelinesize.
  

  medlinebibp: параметраў для кіравання праграмай. Файл павінен змяшчаць наступныя параметры, па адным на радок: 
  1. Нумар версіі праграмы. Гэта дазваляе карыстальніку быць папярэджаныя, калі стары файл параметр выкарыстоўваецца. 
  2. Калі першы сімвал другой лініі "D", то праграма працуе ў рэжыме адладкі. 
  Гэта азначае, што ён будзе паказваць часткі спасылкі як ён разбірае іх. 
  3. Калі першы сімвал трэцяй лініі "ё", то праграма створыць дадатковыя нестандартныя BibTex частак для кампанентаў Medline. 
  Гэта зробіць грувасткімі запіс, але яна будзе трымаць усе Medline дадзеных. 
  Любыя выпадкі двайныя двукоссі ("), пераўтворацца ў адзіночныя двукоссі, каб абараніць BibTex файл. 
  4. Калі першы сімвал чацвёртай лініі 'F', то праграма выкарыстання канчатковага аўтару зрабіць BibTex ключ. 
  У адваротным выпадку другога аўтара выкарыстоўваецца (ці не, калі ёсць толькі адзін аўтар) 
  5 Калі першы сімвал пятая радок "D", то праграма будзе падвойных працяжнік нумары старонак:... 1 - 5, у адваротным выпадку ён будзе працяжнік 
  6. Памер Назва лініі, titlelinesize Гэта колькасць знакаў, што лініі будуць абгорнутыя Заўвага:.. 
  Пачынаючы з версіі 1.47, medlinebibp будзе аўтаматычна абноўлена для ўключэння параметра 5 і больш позняй параметраў Гэта азначае,
  што medlinebib будзе чытаць у medlinbibp. і запісаць яго зноў.
  

  output: паведамленні для карыстальніка апісанне фармату Пераўтварэнне Medline ў BibTex фармаце. 
  Праграма прымае Medline ў фармаце 'запыт' файл і стварае BibTex файл, 'bibformat. Хаця вы можаце перайсці на праблемы загрузкі Medline фармаце,
  я перагледзелі сцэнар (цяпер ён завецца medquery), так што калі адзін захоўвае старонкі непасрэдна з PubMed ён будзе аўтаматычна ператвораны.
  Калі адзін захоўвае старонкі выходзіць у выглядзе файла "query.fcgi (query.fcgi.html на маім Mac). 
  Medquery пошукі сцэнарыя праз гэта і вырывае PMID ідэнтыфікатар. 
  Тады ён дасягае праз Інтэрнэт з выкарыстаннем Wget для атрымання Medline фармаце. Medline фармаце затым пераўтворыцца ў BibTex. 
  Пры гэтым усё адбываецца так хутка, што складанасць не мае значэння. Для выкарыстання праграмы: 
  1. Настройка atchange і Wget на вашым кампутары. 
  2. Настройка atchange працуе ў вашай хатняй дырэкторыі на "аўтаматызацыі" файл, які змяшчае:
  
query.fcgi
 medquery

/tmp/query.fcgi
 echo moving query.fcgi to home for processing
 mv/tmp/query.fcgi ~

  2.Пачатак у вэб-старонкі PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

 і атрымаць дакумент абстрактным. 
 3. Захаваць абстрактным. Гэта створыць query.fcgi файл у вашым хатнім каталогу. 
 2005 Май 11 Заўвага: Паколькі PubMed змяняецца фармат механізм іх захавання, 
 проста захавайце старонку непасрэдна з дапамогай браўзэра захаваць механізм. 
 Яна можа быць названая query.fcgi.html або query.fcgi. 
 Medquery сцэнар будзе здабываць PMID (PubMed ID) з захаванага HTML старонкі (выкарыстоўваючы імя query.fcgi).
 Спадзяюся, гэта будзе больш стабільным, і гэта, безумоўна, хутчэй, каб захаваць старонку непасрэдна. 
 4. Стварэнне query.fcgi файла выкліча atchange для запуску medquery скрыпт, які канвертуе з Medline ў фармаце BibTeX. 
 Bibformat файл з'явіцца ў вашым хатнім каталогу. Паслядоўнае спасылкі таксама захоўваюцца ў файле "BIB" ў вашым хатнім каталогу.
 Medlinebibp файл ствараецца аўтаматычна. (Medquery будзе прыбіраць пасля сябе, лічачы Medline фармат файла ў/TMP.) 5. Унізе, 
 у каталог, дзе вы захоўваеце вашыя спасылкі каталога вы можаце мець паказальнік на выніку BIB файл. Ёсць, вядома, і іншыя спосабы аўтаматызацыі гэтага, 
 але для мяне гэта робіць пераўтварэнні даволі хуткім. Я проста перайдзіце на мой зварот каталог, змяніць BIB файл і прачытаць у новай запісу. 
 Заўвага: medlinebib змены нумара старонак у выглядзе 507-10 ў форме 507 - 510. 
 Паспрабуйце знайсці прыклады для TD дакументацыі Шнайдэр гл. таксама Pubmed спасылка:
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi 
 файл параметраў: medlinebibp
 Unix csh сцэнар: medquery
 atchange апісана па адрасе: http://www. ccrnp.ncifcrf.gov/~ Томс/atchange.html
 інфармацыі Wget: http://www.lecb.ncifcrf.gov/~ Томс/wget.html ftp://gnjilux.cc.fer.hr/pub/unix/Util/Wget/,
 верагодна, мёртвы Сартаваць спасылкі BibTex файла ў алфавітным парадку: sortbibtex.p
 Каб знайсці спасылкі хутка, вы можаце вызначыць яго ў PubMed выкарыстаннем yvp сцэнарыя: http://www.ccrnp.ncifcrf.gov/~ Томс/yvp. HTML аўтара Томаса Дана Шнайдэр памылак
 
********************************************************************************
 Калі Ёсць занадта шмат імёнаў, Entrez кажа "і інш" для прозвішчы. Гэта становіцца прадстаўлена ў выглядзе:
 

 and a. l. et",

  Who is Al L. Et?:-)

  Варта прызнаць, і зрабіў:

 and {\em et al}",

********************************************************************************

Аўтары з імёнамі, як: La Філіял Н павінны быць апрацаваны на "LaBranch". 
Адзіны спосаб распазнаць гэта малымі літарамі ў другой частцы прозвішчы - даволі тонкая. 
************************************************** ****************************** 
Калі вы medlinebib праграмы дастаткова разумныя, каб перафарматаваць спасылку назвы да менш чым 80 знакаў у радку ў файле bibformat выхад, 
то sortbibtex праграма будзе працаваць бездакорна выкарыстоўваць яго ў якасці ўваходнага файла. 
У адваротным выпадку, ён атрымлівае вісеў на назву лініі, якія больш чым 80 знакаў/лінія. 
************************************************** ******************************
 1998 студзені 11 Bielinsky.Gerbi1998 з'яўляецца выпадак, калі [У працэсе Цытата] пераходзіць з адной лініі да наступнага; 
 праграма не апрацоўвае гэта яшчэ 
 *************************************** ***************************************** 
 17 жніўня 2000 г Праграма не выправіць старонку нумары, калі ёсць больш матэрыялу:


pages = "233-44; discussion 244-50",
2005 4 лістапада. Прыватны выпадак гэтага адбываецца ў Biotechniques, 
таму што яны часта маюць рэкламы ў сярэдзіне паперы. Напрыклад:


@article{Rong.McAllister1999,
author = "M. Rong
 and R. Castagna
 and W. T. McAllister",
title = "{Cloning and purification of bacteriophage K11 RNA polymerase}",
journal = "Biotechniques",
volume = "27",
pages = "690--2, 694",
pmid = "10524308",
year = "1999"}
Такія выпадкі з'яўляюцца занадта складанымі для гэтай праграмы гароху мозгу апрацоўваць так яна нічога не робіць, 
і тым самым дазваляе пазбегнуць сапсаваць нумары старонак. Заўвага: зыходную радок нумар старонкі ў PubMed, '690-2, 694 "з'яўляецца няправільным. 
Яна выдаляе 693 (які аб'яваў), але не 691 (які таксама аб'явы). 
************************************************** ****************************** 
тэхнічнай адзначае назвы цалкам акружаны {}, каб абараніць капіталізаваць слова. 
(Страты 1997 Сакавік 20) Medline настойвае на ўстаўцы "[У працэсе Цытата]" ў плітцы новых часткова завершана (?)
 Спасылкі. Праграма выдаляе гэтую радок, калі яна знаходзіцца ў канцы назвы. (Гатова чэрвені 1997 гады 14) Глядзіце нататка вышэй памылка. 
 Чэрвень 1998 30: праграма зараз ручкі малодшы выпадках, такіх як АС - Kazazian HH малодшы шляхам
 аб'яднання малодшы з прозвішчам у спісе літаратуры (як HH {} Kazazian малодшы і шляхам адмовы ад KeyName 1999 Верасень 5: Я абнавіў MQ. да medquery сцэнара.
 Гэты сцэнар выкарыстоўвае Wget, каб захапіць Medline фармаце. Гэта азначае, што вы можаце атрымаць спасылкі PubMed і проста захаваць яго.
 Medquery не клапоціцца Ці вы захаваць яго як Mac, PC або UNIX, і яна атрымае. 
 Medline фармаце Wget Затым ён пераўтварае ў фармат BibTex Такім чынам, вы толькі павінны націснуць на захаванне ў два разы - гэта нашмат хутчэй ліпені 2000 1927:.! 
 старых http://www4.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/спасылку Medline medline.html больш не з'яўляецца актыўным Яна падрыхтавала "запыт" файл Гэта аўтаматычна прымае адзін на новае месца:.. 
 http://www4.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi Гэта дае "запыту. FCGI "файл. *) (* канец модуля describe.medlinebib *) {Гэтая старонка кіраўніцтва была створана makman 1,44}