Back to site

Передпокій КЕРІВНИЦТВО

Використання передпокою створювати файли Leap Вхід для імітації Стокрін (ефавіренц) РТ комплекс
з використанням загальній групі Янтарний поле

За Росс Уолкер і Sishi Тан

Стокрін

Введення

У цьому уроці ми будемо використовувати інструмент передпокої, які поставляються з AmberTools, щоб створити prmtop і inpcrd файли для моделювання білок-ліганд, а також виконувати імітація короткого Гб на ньому.

Передпокій призначений для використання з "загального силового поля AMBER (багор)" 1. Це силове поле, був спеціально розроблений, щоб охопити більшість фармацевтичних молекул і сумісний з традиційними силовими полями AMBER таким чином, що обидва можуть бути змішані під час моделювання. Як і в традиційних силових полів AMBER, багор використовує просту гармонійну форму функції для облігацій і кути, але на відміну від традиційних білків і ДНК, орієнтовані силові поля AMBER атома типи, використовувані в багор набагато більше спільного, що вони охоплюють велику частину органічних хімічних простір. Поточна реалізація силового поля багор складається з 33 основних типів атомів і 22 спеціальних видів атомів. Заряд методи можуть бути HF/6-31G * RESP 2 або AM1-BCC 3.

Відповідно до проекту, багор, повний силового поля (так що відсутні параметри зустрічаються рідко), вона охоплює практично всі органічні простір хімічну речовину, яка складається з C, N, O, S, P, H, F, Cl, Br і I. Крім того, з багром повністю сумісна з поля AMBER макромолекулярних силу він повинен виявитися корисними молекулярні механічні інструмент для раціонального дизайну ліків. Особливо в обов'язковий безкоштовний розрахунок енергії та молекулярні дослідження док.

Набір для передпокою інструмент призначений для того швидкої генерації топології файлів для використання з AMBER програм моделювання. Це корисно в ситуаціях, коли ви хочете автоматично скринінгу великого числа з'єднань. Дозвіл передпокою розрахувати витрати і атом типу автоматично з нами за допомогою багра дозволяє йому бути включені в скрипти, які обробляють велику кількість з'єднань.Однак, як і будь-яка автоматизована система не досконала і, якщо ви плануєте фокусування на одній системі ви повинні розглянути вручну присвоєння типів атомів і ретельно перевірки речей. У передпокої, можна вирішити наступні завдання:

  1. Автоматична ідентифікація зв'язків і атомів типу

  2. Суддя атомний еквівалент

  3. Створення файлів залишок топології

  4. Знайти відсутні параметри силового поля і поставити розумні пропозиції

Пам'ятайте, що Передпокій не є заміною для належної обачності. Ви завжди повинні уважно вивчити атома типів правонаступників передпокою і перевірити на собі, що вибори є обгрунтованими. Ви не повинні використовувати програмне забезпечення в науковій «Чорний ящик» підхід!

У цьому уроці ми будемо використовувати інструмент з передпокою стрибок для створення топології і координувати файли для рецептурних препаратів Стокрін (ефавіренц). Стокрін ( http://www.sustiva.com ) є імунодефіциту людини типу вірусів 1 (ВІЛ-1) конкретні, ненуклеозидні, інгібітор зворотної транскриптази на ринку Bristol Myers Squibb для контролю прогресування ВІЛ-інфекції у людей. Хімічна назва Стокрін є (S)-6-хлор-(cyclopropylethynyl) -1,4-дигідро-4-(трифторометил)-2Н-3,1-бензоксазин-2-он. Його емпірична формула C 14 H 9 ClF 3 NO 2, і це 2D-структури:

Стокрін 2d

Ось основні 3 мірної геометрії Стокрін, з якого ми почнемо будувати топологію і координації файли з sustiva.pdb. Наші Стокрін PDB файл витягується з RT-Стокрін комплекс PDB файлів (PDB код: 1FKO.pdb).Координати Стокрін пов'язана із залишком називається "EFZ" (ефавіренц).
Всіма засобами відкрити його в VMD і поглянути на неї.

Ми будемо використовувати передпокою призначити типи атомів даної молекули, а також розрахувати безліч точкових зарядів, для нас. Передпокій є найбільш важливою програмою в набір інструментів для передпокою. Він може виконувати багато перетворення файлів, а також може призначити атомних зарядів і атомних типів. Відповідно до вхідних вестибюль виконує такі програми (всі забезпечені AmberTools): divcon, atomtype, am1bcc, bondtype, espgen, respgen і prepgen. Це також створює ряд проміжних файлів (все великими буквами).

Створити параметр і координації файли для Стокрін

По-перше, давайте запустимо зменшити, щоб додати всі атоми водню в PDB-файлі. Гідрогенізовані Стокрін координати можна знайти в sustiva_h.pdb.

зменшити sustiva.pdb> sustiva_h.pdb

Щоб бути у відповідності з назвою PDB, ми змінимо назву залишків "EFZ» до «SUS», і створити новий файл PDB: sustiva_new.pdb.

Тепер давайте спробуємо використовувати передпокої на наш файл Стокрін PDB. Щоб створити "mol2" файл, необхідний для визначення нової одиниці у високосний, ми просто виконайте наступну команду:

передпокій-я sustiva_new.pdb-Fi PDB-о-л sustiva.mol2 mol2-с ОЦК-с 2

Тут, я sustiva.pdb вказується ім'я файлу 3D структури та PDB-Fi говорить передпокій, що це PDB формат (ми легко можемо використовувати будь-яке число інших підтримуваних форматів, включаючи гаусові Z-матрицею [gzmat] гауссовский Вихід [подагра] MDL [лей], бурштин Restart [Перше], Sybyl Mol2 [mol2]). -О sustiva.mol2 визначає ім'я нашого вихідного файлу і-фо mol2 стверджує, що ми хочемо, щоб вихідний файл буде у форматі Tripos Mol2 (це внутрішній формат, підтримуваний Leap). -С ОЦК опція вказує передпокою використовувати AM1-BCC заряд модель для розрахунку атомних точкових зарядів, а з 2-параметр визначає рівень деталізації інформації статусу, що надається передпокою. В цьому випадку ми вибрали докладний висновок (2).

Таким чином, йти вперед і працювати над командою. Висновок на екран повинен виглядати наступним чином:


Running: /usr/local/amber10/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Running: /usr/local/amber10/bin/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff

Total number of electrons: 160; net charge: 0

Running: /usr/local/amber10/bin/mopac.sh

Running: /usr/local/amber10/bin/am1bcc -i ANTECHAMBER_AM1BCC_PRE.AC -o ANTECHAMBER_AM1BCC.AC -f ac
-p /usr/local/amber10/dat/antechamber/BCCPARM.DAT -s 2 -j 1

Running: /usr/local/amber10/bin/atomtype -f ac -p bcc -o ANTECHAMBER_AM1BCC.AC -i ANTECHAMBER_AM1BCC_PRE.AC

Ви також повинні отримати цілий ряд файлів, записаних у свій каталог.

ANTECHAMBER_AC.AC      ANTECHAMBER_AM1BCC_PRE.AC  ATOMTYPE.INF  mopac.out  sustiva.mol2
ANTECHAMBER_AC.AC0 ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC divcon.pdb mopac.pdb sustiva.pdb
ANTECHAMBER_AM1BCC.AC ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC mopac.in

Файли в столицях усіх проміжних файлів, використовуваних передпокою і тут не потрібно. Ви можете безпечно видаляти їх. Ці файли не видаляються за замовчуванням, так як вони можуть представляти інтерес, якщо щось не працює правильно. Mopac.xxx файлів вхідних та вихідних з MOPAC квантової механіки код, який використовується для розрахунку передпокою атомних точкових зарядів. Ми не зацікавлені в даних тут, за винятком перевірити, що розрахунок MOPAC успішно завершена:

mopac.out

*******************************************************************************
** FRANK J. SEILER RES. LAB., U.S. AIR FORCE ACADEMY, COLO. SPGS., CO. 80840 **
*******************************************************************************

AM1 CALCULATION RESULTS


*******************************************************************************
* MOPAC: VERSION 6.00 CALC'D.
* GEO-OK - OVERRIDE INTERATOMIC DISTANCE CHECK
* MMOK - APPLY MM CORRECTION TO CONH BARRIER
* ANALYT - USE ANALYTIC DERIVATIVES
*
*
*
* CHARGE ON SYSTEM = 0
*
*
*
* T= - A TIME OF 3600.0 SECONDS REQUESTED
* DUMP=N - RESTART FILE WRITTEN EVERY 3600.0 SECONDS
* AM1 - THE AM1 HAMILTONIAN TO BE USED
* PRECISE - CRITERIA TO BE INCREASED BY 100 TIMES
***********************************************************************100BY100
AM1 ANALYT MMOK GEO-OK PRECISE CHARGE=0
created by wmopcrt() for mopac

Файл, який ми дійсно зацікавлені в тому, і з цієї причини ми побігли передпокою, в першу чергу, це sustiva.mol2 файл. Цей документ містить визначення нашої Стокрін залишку, включаючи всі збори і типи атомів, що ми будемо завантажувати в стрибок, коли створення нашого prmtop і inpcrd файлів. Давайте поглянемо на файл:

sustiva.mol2

@<TRIPOS>MOLECULE
SUS
30 32 1 0 0
SMALL
bcc


@<TRIPOS>ATOM
1 CL -4.6850 -32.7250 25.2220 cl 999 SUS -0.073100
2 F1 -0.7550 -36.6320 25.6970 f 999 SUS -0.231400
3 F2 1.0780 -37.0430 24.6720 f 999 SUS -0.221400
4 F3 -0.7840 -37.1770 23.6260 f 999 SUS -0.216800
5 O1 1.5240 -34.9340 20.9100 o 999 SUS -0.573600
6 O2 0.9890 -34.8800 23.0580 os 999 SUS -0.371900
7 N -0.6810 -34.9710 21.4340 n 999 SUS -0.459500
8 C1 -1.6620 -34.4140 22.3130 ca 999 SUS 0.084700
9 C2 -2.9150 -33.9470 21.8430 ca 999 SUS -0.167000
10 C3 -3.8380 -33.4230 22.7710 ca 999 SUS -0.069500
11 C4 -3.5330 -33.3730 24.1190 ca 999 SUS -0.025500
12 C5 -2.3100 -33.8290 24.5930 ca 999 SUS -0.040200

Як ви можете бачити цей файл містить 3-мірної структури нашого Стокрін молекули, а також заряд кожного атома, останній колонці, атом номер (стовпець 1), його ім'я (колонка 2) і його типу атома (стовпець 6). Він також визначає зв'язок в кінці файлу. Цей файл має, однак, не містить ніяких параметрів. Багор параметрів всіх визначених в $ AMBERHOME / DAT / стрибок / ПАРМ / gaff.dat. Інша річ, яку ви повинні були помітити тут, що все багор типу атома в нижньому регістрі. Це механізм, за допомогою яких поле багор сили і не залежати від макромолекулярних поля AMBER силу. Всі традиційні силові поля AMBER використовувати заголовні типів атомів. Таким чином, багор і традиційних силових полів можуть бути змішані в одному розрахунку.

Хоча, швидше за все, поєднання облігацій, кута і двогранний параметри визначені у файлі параметрів, цілком можливо, що наша молекула може містити комбінації атомів типи зв'язків, кутів і двогранні кутів, які не були параметризації. Якщо це так, то ми повинні будемо вказати відсутні параметри, перш ніж ми можемо створити prmtop і inpcrd файли Leap.

Ми можемо використовувати утиліту parmchk перевірити, чи всі параметри ми вимагаємо, є.

parmchk-я sustiva.mol2-е-о mol2 sustiva.frcmod

Виконайте цю команду зараз, і буде робити файл sustiva.frcmod. Це файл параметрів, які можуть бути завантажені в стрибок для того, щоб додати відсутні параметри. Тут він буде містити всі відсутні параметри. Якщо він може передпокою буде заповнити ці відсутні параметри по аналогії з аналогічним показником. Ви повинні перевірити ці параметри ретельно перед запуском моделювання. Якщо передпокій не може емпірично вирахувати значення або не має аналогів вона буде або додати значення за замовчуванням, які він вважає розумними або ж вставити місце держатель (з нулями в усьому світі), а також коментар "ATTN: потребує перегляду». В цьому випадку вам доведеться вручну параметризації це самостійно. Він сподіваємося, що багор розроблений таким чином, число зниклих без параметрів буде знижуватися. Давайте подивимося на наш frcmod файл:


sustiva.frcmod

remark goes here
MASS

BOND

ANGLE
ca-c3-c1 64.784 110.735 Calculated with empirical approach
c1-c1-cx 56.400 177.990 same as c1-c1-c3
c1-cx-hc 48.300 109.750 same as c1-c3-hc
c1-cx-cx 64.200 111.590 same as c1-c3-c3

DIHE

IMPROPER
ca-ca-ca-ha 1.1 180.0 2.0 General improper torsional angle (2 general atom types)
n -o -c -os 10.5 180.0 2.0 General improper torsional angle (2 general atom types)
c -ca-n -hn 1.1 180.0 2.0 General improper torsional angle (2 general atom types)
ca-ca-ca-n 1.1 180.0 2.0 Using default value

NONBON

Ми бачимо, що було в загальній складності 4 відсутній кут параметри і 4 відсутні неправильного двогранних кутів. Для цілей цього уроку ми будемо вважати, що параметри передпокою запропонував для нас прийнятні. В ідеалі ви повинні дійсно перевірити ці параметри (в порівнянні з неемпіричних розрахунків, наприклад), щоб переконатися, що вони є обгрунтованими. Якщо ви бачите будь-які параметри, перераховані з коментарем «ATTN: потребує перегляду», то це означає, що передпокої не міг визначити відповідні параметри і тому ви повинні вручну надати ці, перш ніж приступити до моделювання. За замовчуванням передпокою буде встановити значення до нуля.

Тепер у нас є все, що потрібно, щоб завантажити Стокрін як єдине ціле в стрибок. Нам просто потрібно завантажити tLeap і забезпечити поле багор сила є.

$ Tleap-е leaprc.ff99SB

Після tleap запущений і працює, ми також повинні гарантувати, що він знає про силовий поле багор. Існує скрипт в $ AMBERHOME / DAT / стрибок / CMD /, який зробить це за нас. Ми можемо завантажити його в tLeap з:

Джерело leaprc.gaff

Наші tLeap консоль повинна виглядати приблизно так:

Welcome to LEaP!
(no leaprc in search path)
Sourcing: /usr/local/amber10/dat/leap/cmd/leaprc.ff99SB
Log file:./leap.log
Loading parameters: /usr/local/amber10/dat/leap/parm/parm99.dat
Reading title:
PARM99 for DNA,RNA,AA, organic molecules, TIP3P wat. Polariz.& LP incl.02/04/99
Loading parameters: /usr/local/amber10/dat/leap/parm/frcmod.ff99SB
Reading force field modification type file (frcmod)
Reading title:
Modification/update of parm99.dat (Hornak & Simmerling)
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/all_nucleic94.lib
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/all_amino94.lib
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/all_aminoct94.lib
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/all_aminont94.lib
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/ions94.lib
Loading library: /usr/local/amber10/dat/leap/lib/solvents.lib
> source leaprc.gaff
----- Source: /usr/local/amber10/dat/leap/cmd/leaprc.gaff
----- Source of /usr/local/amber10/dat/leap/cmd/leaprc.gaff done
Log file:./leap.log
Loading parameters: /usr/local/amber10/dat/leap/parm/gaff.dat
Reading title:
AMBER General Force Field for organic mol., add. info. at the end (June, 2003)
>

Тепер ми можемо завантажити наші Стокрін одиниці (sustiva.mol2):

SUS = loadmol2 sustiva.mol2

Якщо зараз ввести список tLeap ви повинні побачити новий блок SUS (виділено жирним шрифтом):

> SUS = loadmol2 sustiva.mol2
Loading Mol2 file:./sustiva.mol2
Reading MOLECULE named SUS
> list
ACE ALA ARG ASH ASN ASP CALA CARG
CASN CASP CCYS CCYX CGLN CGLU CGLY CHCL3BOX
CHID CHIE CHIP CHIS CILE CIO CLEU CLYS
CMET CPHE CPRO CSER CTHR CTRP CTYR CVAL
CYM CYS CYX Cl- Cs+ DA DA3 DA5
DAN DC DC3 DC4 DC5 DCN DG DG3
DG5 DGN DT DT3 DT5 DTN GLH GLN
GLU GLY HID HIE HIP HIS HOH IB
ILE K+ LEU LYN LYS Li+ MEOHBOX MET
MG2 NALA NARG NASN NASP NCYS NCYX NGLN
NGLU NGLY NHE NHID NHIE NHIP NHIS NILE
NLEU NLYS NMABOX NME NMET NPHE NPRO NSER
NTHR NTRP NTYR NVAL Na+ PHE PL3 POL3BOX
PRO QSPCFWBOX RA RA3 RA5 RAN RC RC3
RC5 RCN RG RG3 RG5 RGN RU RU3
RU5 RUN Rb+ SER SPC SPCBOX SPCFWBOX SPF
SPG SUS T4E THR TIP3PBOX TIP3PFBOX TIP4PBOX TIP4PEWBOX
TP3 TP4 TP5 TPF TRP TYR VAL WAT
frcmod99SBgaff parm99

На даний момент ми не завантажений файл, який frcmod parmchk дав нам. Таким чином, якщо ми перевіряємо наші SUS одиниці ми повинні знайти, що існує 4 типи відсутні параметри кута.

перевірити SUS

> check SUS
Checking 'SUS'....
Checking parameters for unit 'SUS'.
Checking for bond parameters.
Checking for angle parameters.
Could not find angle parameter: ca - c3 - c1
Could not find angle parameter: c1 - c1 - cx
Could not find angle parameter: c1 - cx - hc
Could not find angle parameter: c1 - cx - cx
Could not find angle parameter: c1 - cx - cx
There are missing parameters.
Unit is OK.

Наші відсутні параметри типу кут був ка-c3-c1, c1-c1-сі, c1-сх-HC і c1-сі-сі. Вони відповідають пропив кільця і потрійних зв'язків CC. Це те, що можна було б очікувати, так як такого роду система є досить рідкісним в органічних молекулах. Тепер ми можемо завантажити наші frcmod файл для того, щоб сказати tLeap параметрів для цих типів відсутній кут.

loadamberparams sustiva.frcmod

Якщо ми зараз перевірити SUS одиниці ми повинні знайти, що немає відсутніх параметрів:

> loadamberparams sustiva.frcmod
loading parameters:./sustiva.frcmod
Reading force field modification type file (frcmod)
Reading title:
remark goes here
> check SUS
Checking 'SUS'....
Checking parameters for unit 'SUS'.
Checking for bond parameters.
Checking for angle parameters.
Unit is OK.

Тепер ми можемо створити файл бібліотеки для Стокрін ( sus.lib ), а також prmtop і inpcrd файлів ( sustiva.prmtop, sustiva.in pcrd ).

saveoff SUS sus.lib

saveamberparm SUS sustiva.prmtop sustiva.inpcrd

Вихід з tleap показує кілька попереджень, які можуть бути проігноровані (в даному випадку!) У зв'язку з трикутної геометрії зв'язок Стокрін:

> saveoff SUS sus.lib
Building topology.
Building atom parameters.
>
> saveamberparm SUS sustiva.prmtop sustiva.inpcrd
Checking Unit.
Building topology.
Building atom parameters.
Building bond parameters.
Building angle parameters.
Building proper torsion parameters.
1-4: angle 7 12 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond)

1-4: angle 7 9 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond)

1-4: angle 9 12 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond)

Building improper torsion parameters.
total 8 improper torsions applied
Building H-Bond parameters.
Not Marking per-residue atom chain types.
Marking per-residue atom chain types.
(Residues lacking connect0/connect1 -
these don't have chain types marked:

res total affected

SUS 1
)
(no restraints)
>

Замість того щоб друкувати все, що в консолі tleap, список команд tLeap згадані вище, можуть також бути використані для створення tLeap вхідного файлу ( tleap.in ) і створити всі необхідні файли:

tleap-е tleap.in

Створення топології і координувати файли для Стокрін-RT комплекс

Оскільки ми можемо змішувати традиційні силові поля AMBER з багром, ми можемо в цей момент завантажується фрагмент зворотної транскриптази (RT) з вірусом ВІЛ і лікування цього, використовуючи ff99SB силового поля при лікуванні молекули Стокрін по полю багор силу. Нам потрібно буде використовувати файл Стокрін бібліотеки ( sus.lib ), який був створений в попередньому кроці.

RT-Стокрін комплексу можуть бути знайдені в білку RCSB банку даних (PDB код 1FKO). Відповідне PDB файл 1FKO.pdb.

Зворотної транскриптази ВІЛ є гетеродімер складається з P51 і P66 підрозділу. Це великий білок з молекулярною масою 117 кДа. Для цього уроку ми будемо використовувати укороченою системи в безпосередній близькості від Стокрін, в тому числі пальців і долоні області P66 підрозділу. Усічений PDB файлу: 1FKO_trunc.pdb.

Для того, щоб 1FKO PDB файл визнаний tLeap раз файл Стокрін бібліотека завантажена, ми повинні змінити залишок ім'я в 1FKO PDB файлів з EFZ в SUS. Оскільки файл Стокрін libary включає в себе ті ж імена, як атом молекули Стокрін в 1FKO PDB файлу, подальші модифікації є необхідним. В інших випадках це завжди гарна ідея, щоб перевірити PDB файл з бібліотекою файлів, щоб переконатися, що вони мають відповідні атома імена, а також залишок ім'ям. Зміна PDB файл зараз: 1FKO_trunc_sus.pdb

Тепер ми можемо завантажити файл PDB в tLeap.

По-перше, ми починаємо tLeap як і те, що ми робили в попередньому розділі:

tleap-е leaprc.ff99SB

> Джерело leaprc.gaff

> Loadamberparams sustiva.frcmod

Тепер ми завантажуємо файл Стокрін бібліотеки (sus.lib), після чого комплекс PDB 1FKO_trunc_sus.pdb файл.

> Loadoff sus.lib

> = Комплекс loadpdb 1FKO_trunc_sus.pdb

Нарешті, ми готові створити наш топології і координувати файлів усіченої RT-Стокрін комплексу. > saveamberparm комплекс 1FKO_sus.prmtop 1FKO_sus.inpcrd > savepdb комплекс 1FKO_sus.pdb > quitВи можете поглянути на усічений RT-Стокрін складною структурою ( 1FKO_sus.pdb ) в VMD.


RT-Sustiva Complex

Знову ж таки, ми можемо створити tLeap вхідного файлу ( tleap2.in ) і створити всі файли, для Стокрін-RT комплексу:

tleap-е tleap2.in

Згорнути і урівноважити Стокрін-RT комплекс

Як тільки ми отримаємо топологію і координації файли RT-Стокрін комплекс, ми готові хапати Гб моделювання на Стокрін-RT. Зазначимо, що наведені тут процедури дуже короткий для того, щоб зробити моделювання сумісні з тимчасовою шкалою цього підручника. У реальному "виробництва" Моделювання ви зазвичай працюють набагато довше моделювання (нс) для того, щоб отримати хороші статистичні конвергенції.

По-перше, ми будемо мінімізувати наші складні, щоб видалити можливі погані контакти. Ось наш вхідний файл min.in. Ми будемо робити в цілому 200 кроків мінімізації (MAXCYC) з 50-х бути найшвидшого спуску (NCYC), інше буде сполучених градієнтів (MAXCYC-NCYC). Ми будемо використовувати досить великий відрізані 16 ангстрем, оскільки це не буде періодичної моделювання, і ми хочемо мати справу з нашою електростатики точно (НТБ = 0, CUT = 16). Для нашого неявного розчинника моделі ми будемо використовувати Гб модель Хокінс, Крамера і Truhlar см. в керівництві AMBER для повного опису (IGB = 1):



Initial minimisation of sustiva-RT complex
&cntrl
imin=1, maxcyc=200, ncyc=50,
cut=16, ntb=0, igb=1,
&end

Давайте запустимо наш мінімізації:

Sander-O-я min.in-о-р 1FKO_sus_min.out 1FKO_sus.prmtop -С-р 1FKO_sus.inpcrd 1FKO_sus_min.crd і


Тепер ми чекаємо його запуску. (Займає близько 3 хвилин на моїй локальній машині). Якщо ви не можете чекати вихідних файлів тут: 1FKO_sus_min.out, 1FKO_sus_min.crd.

Ви можете використовувати ambpdb створити PDB остаточної структури мінімуму, якщо ви хочете:

ambpdb-р 1FKO_sus.prmtop <1FKO_sus_min.crd> 1FKO_sus_min.pdb

Це завжди гарна ідея, щоб візуалізувати ваші результати, так як людське око дуже добре плямистість anormolies.

Наступним кроком, якщо для нагріву РТ-Стокрін комплексу. Для швидкості ми зробимо це дуже швидко протягом 1ps. В ідеалі ви повинні робити це набагато довше.

Ось наш вхідний файл, ми будемо запускати MD (Imin = 0), і це не перезавантаження (irest = 0). У цьому прикладі ми не будемо використовувати тремтіння, так як можливо, що водень може вплинути на рух енергії (ймовірно, немає, але він служить як приклад тут). Як ми не використовуємо тремтіння ми повинні крок за часом менше, ніж зазвичай. Тут я буду використовувати час кроком 1 фс і балотуватися на 1000 кроків [2 шт] (Л = 0,001, nstlim = 1000, NTC = 1). Ми також будемо писати наш вихідний файл кожні 20 кроків і наші траєкторії [mdcrd] файлу кожні 20 кроків (ntpr = 20, ntwx = 20). Для контролю температури ми будемо використовувати підхід Ланжевен динаміки з частотою зіткнень 1 пс = -1. Ми почнемо нашу систему в 0K, і ми хочемо цільової температурі 300 К (NTT = 3, gamma_ln = 1,0, темпи = 0.0, temp0 = 300,0). А от вхідний файл: eq.in

eq.in
Initial MD equilibration
&cntrl
imin=0, irest=0,
nstlim=1000,dt=0.001, ntc=1,
ntpr=20, ntwx=20,
cut=16, ntb=0, igb=1,
ntt=3, gamma_ln=1.0,
tempi=0.0, temp0=300.0,
&end

Тепер виконайте команду:

Sander-O-я eq.in-о 1FKO_sus_eq.out -р 1FKO_sus.prmtop -С-р 1FKO_sus_min.crd 1FKO_sus_eq.rst-х і 1FKO_sus_eq.mdcrd

Траєкторія опалення і перезавантаження координати зберігаються в 1FKO_sus_eq.mdcrd і 1FKO_sus_eq.rst відповідно. Тепер про те, що Стокрін-RT комплексу зведена до мінімуму і нагрівається, ви можете поглянути на знімок при 300К. Ця структура може бути використана в якості відправної точки для подальшого врівноваження. літератури:

1Wang, J., Wolf, R.M., Caldwell, J.W., Kollman, P.A., Case, D.A. " Розробка та випробування силового поля генерального Янтар ", J. Comp. Chem., 2004, 25, 1157 - 1173.

2Bayly, C.I., Cieplak, P., Cornell, W.D., Kollman, P.A. " добре себе електростатичний потенціал на основі методу за допомогою зарядки Обмеження для отримання атомних зарядів: RESP моделі ", J. Phys. Chem, 1993, 10269-10280.

3Jakalian, A., Bush, B.L., Jack, B.D., Bayly, C.I., " швидкої, ефективної генерації високої якості атомних зарядів AM1-BCC Модель:.. I. Метод.", J. Comp. Chem., 2000, 21, 132-146.

Published (Last edited): Apr 15 , source: http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/